总结
A Dluter
这个作者很懒,什么都没留下…
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shell-判断是不是文件夹
思路:先遍历该目录下所有文件\文件夹,获得文件名其次获得该文件名的路径最后判断是否是文件夹,是文件夹继续执行操作#!/bin/bashfor file in *do file_path=`pwd` #反引号 dir_name="$file_path/$file" if test -d $dir_name then mkdir $file/analysis fidone反引号原创 2021-08-13 14:06:07 · 5841 阅读 · 0 评论 -
Win10_Anoconda装Rdkit
RDKit 是一个用于化学信息的开源工具包,可以对化合物生成描述符和指纹图谱,用python进行调取。之前在pycharm中装rdkit和rdkit-pypi都失败没装好,其中rdkit对python版本有要求,rdkit-pypi (github)只能装到Linux和mac OS上。在Anoconda上...原创 2021-08-06 10:58:29 · 360 阅读 · 0 评论 -
Rosetta基础3:ligand docking
(base) [user@localhost ligand-docking]$ /usr/local/python-2.7.16/bin/python2 $ROSETTA/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 3pbl.pdb AFound existing PDB file at 3pbl.pdb3pbl A 432 --- --- MOD --- OK>3pbl_AYALSYCALILAIVFGNGLVCMAVLKERALQTTTNYLVVS原创 2021-08-04 18:03:09 · 1229 阅读 · 1 评论 -
Rosetta基础2:preparing ligand
Rosetta是基于残基,也就是说Rosetta不把原子单独对待,而是把它们看作一个完整的化学实体。为了实现这个目标,Rosetta必须知道键长、键角以及其它性质。对标准残基和小分子残基模型都是必须的。Rosetta在params文件中对残基的性质进行编码。Rosetta数据库包含常见氨基酸残基和小分子残基的parmas文件。当我们添加新的配体时,需要生成新的parms文件。What is a Params Fileparams文件包含残基的几何形状和化学特征的信息,为了让Rosetta理解怎样运行这个原创 2021-08-04 17:32:39 · 1070 阅读 · 1 评论 -
Rosetta基础1:centos8安装Rosetta
在今天之前了解过Rosetta,也试着装过但没装上,感觉看软件命令跟看天书似的,它认识我,我不认识它、但今天我俩达成了共识,互相认识,在服务器装上了Rosetta,记录一下:软件包和编译命令都来自于计算化学公社Rosetta包和命令,我下载的是2019.12.60667版,按照教程的命令输出如下:# Rosetta依赖OPENMPI以及BOOST# Boost与其他开发环境[root@localhost user]# yum install boost-devel libstdc++ zlib zl原创 2021-07-05 18:04:46 · 1779 阅读 · 2 评论 -
MD-钙调素中钙离子的替换和保存
今天在实验钙调素蛋白的动力学模拟时遇到一个问题:在pdb文件中修改钙离子后,用VMD打开后,钙离子位置发生变化?在pdb中钙离子的残基名为CA,然而在力场gromos54a7文件夹下rtp中钙离子残基名为CA2+,所以要做把CA替换为CA2+PDBID:2BBM# 2BBM 未修改ATOM 2700 2HD2 LEU B 26 17.951 -18.980 -17.260 1.00 7.95 H ATOM 2701 3HD2 LEU B 26原创 2021-06-18 16:22:46 · 263 阅读 · 0 评论 -
Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?
公司要购买服务器,这一周在测试多显卡服务器跑动力学模拟,多显卡多任务时用到Docker,镜像是https://ngc.nvidia.com/catalog/containers/hpc:gromacs。后来在自己服务器上安装Docker,安装命令:curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun安装正常,打开新的终端,输入 docker,输出正常输入 :docker version遇到:Cannot c原创 2021-03-26 09:12:58 · 16565 阅读 · 0 评论 -
20总结,21计划
前几天就想写这篇,拖到现在,明天上班20总结20年新冠突袭,扰乱了整个世界,上半年在家半年,写毕业论文、找工作、发小论文,过的充实,有些焦虑茫然5月24号在家毕业答辩,28号因疫情得到控制才可得以返校,6月10号左右离校离校后,去了趟杭州找了室友,在西湖转了转、江边跑步;去宁波找大学室友聊天喝酒,算是一场小小的毕业旅行大概6月25号去北京找房子,准备工作7月份入职一家测序公司-群体信息部门,研究生期间用Linux比较多,上手比较快,就是工资有些少。所以在7月份还在找工作,有天学院群里有一个国原创 2021-02-17 22:33:09 · 164 阅读 · 5 评论