Rosetta
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A Dluter
这个作者很懒,什么都没留下…
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EMOPEC--ViennaRNA-RNA结构预测
开源代码时,需要安装一个软件VeinnaRNA,VeinnaRNA有程序包(https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/),也可pip安装(https://pypi.org/project/ViennaRNA/)。在windows中安装上EMOPEC,运行后报错:没有ViennaRNA软件;原创 2023-07-06 15:09:36 · 441 阅读 · 0 评论 -
Rosetta基础4:Finding Local Energy Minima Using the Minimizer
Rosetta翻译 2022-09-14 14:20:37 · 567 阅读 · 0 评论 -
Rosetta基础1:centos8安装Rosetta
在今天之前了解过Rosetta,也试着装过但没装上,感觉看软件命令跟看天书似的,它认识我,我不认识它、但今天我俩达成了共识,互相认识,在服务器装上了Rosetta,记录一下:软件包和编译命令都来自于计算化学公社Rosetta包和命令,我下载的是2019.12.60667版,按照教程的命令输出如下:# Rosetta依赖OPENMPI以及BOOST# Boost与其他开发环境[root@localhost user]# yum install boost-devel libstdc++ zlib zl原创 2021-07-05 18:04:46 · 1928 阅读 · 2 评论 -
Rosetta基础2:preparing ligand
Rosetta是基于残基,也就是说Rosetta不把原子单独对待,而是把它们看作一个完整的化学实体。为了实现这个目标,Rosetta必须知道键长、键角以及其它性质。对标准残基和小分子残基模型都是必须的。Rosetta在params文件中对残基的性质进行编码。Rosetta数据库包含常见氨基酸残基和小分子残基的parmas文件。当我们添加新的配体时,需要生成新的parms文件。What is a Params Fileparams文件包含残基的几何形状和化学特征的信息,为了让Rosetta理解怎样运行这个原创 2021-08-04 17:32:39 · 1184 阅读 · 1 评论 -
Rosetta基础3:ligand docking
(base) [user@localhost ligand-docking]$ /usr/local/python-2.7.16/bin/python2 $ROSETTA/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 3pbl.pdb AFound existing PDB file at 3pbl.pdb3pbl A 432 --- --- MOD --- OK>3pbl_AYALSYCALILAIVFGNGLVCMAVLKERALQTTTNYLVVS原创 2021-08-04 18:03:09 · 1315 阅读 · 1 评论