动力学模拟
A Dluter
这个作者很懒,什么都没留下…
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gmx构建初始模拟体系
gmx 构建初始模拟体系原创 2023-04-03 15:42:57 · 276 阅读 · 0 评论 -
gmx_MMPBSA的安装以及acpype找不到mopac解决办法
gmx_MMPBSA, Acpype,mopac.sh原创 2023-02-20 10:10:27 · 959 阅读 · 0 评论 -
gromacs 安装
gmx原创 2022-12-26 15:09:41 · 495 阅读 · 0 评论 -
QM/MM--GROMACS+CP2K 安装时报错
gromacs CP2K原创 2022-10-14 15:44:44 · 723 阅读 · 0 评论 -
gmx-MMPBSA — error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file
操作系统Centos8运行gmx_MMPBSA时,出现error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file错误:[userrr@localhost gmx_MMPBSA]$ gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 14 -ct fbd.xtc -lm UNK_bcc_gaff.mol2[INFO ] St原创 2021-07-23 16:51:39 · 1982 阅读 · 0 评论 -
gmx_MMPBSA--计算蛋白-配体自由能及能量分解
GitHub中gmx-MMPBSA的蛋白-配体自由能计算命令:[user@localhost gmx-mmpbsa]$ mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -rs rec.pdb -ri rec_index.ndx -rg 1 -rt rec_traj.pdb -lm ligand.mol2 -ls lig.pdb -li lig_index.ndx原创 2021-07-28 17:42:25 · 7918 阅读 · 5 评论 -
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database
blast数据库原创 2022-07-11 11:36:09 · 2112 阅读 · 0 评论 -
仲辛醇/水体系的界面现象
搜索油水界面动力学模拟时,看到论坛中有一篇仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比,博主没有给出模拟结果,我自己试了一下:仲辛醇和水会出现界面。下面是我模拟过程添加100个仲辛醇分子和4000个水分子,力场是charmm27。#gromacs运行命令gmx insert-molecules -ci oct_GMX.gro -o complex.gro -box 7 7 7 -nmol 100gmx solvate -cp complex.gro -o solv.gro -p原创 2022-05-30 14:36:30 · 329 阅读 · 0 评论