pymol作图-氢键

1. 动力学模拟轨迹转为pdb格式命令，从而用pymol分析

gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o md_cluster_whole.xtc -pbc cluster -center
gmx trjconv -f md_cluster_whole.xtc -s md.tpr -n index.ndx -fit rot+trans -o md_cluster_fit.xtc
gmx trjconv -f md_cluster_fit.xtc -o md_cluster_skip.xtc -skip 100
gmx trjconv -f md_cluster_skip.xtc -s md.tpr -o md_cluster_skip.xtc

2. pymol程序安装启动后，点击File > Open > md_cluster_skip.xtc，就能得到下图，红色框内State表明这个pdb文件中有多少帧构象，点击红色框内最下面一行的按钮就可播放动力学模拟轨迹。
   在PyMol Viewer中出现all、md两栏，每栏都有A、S、H、L、C，A：Action，S：show，H：Hide，L：Label；C：Color
   
3. 作图步骤
   1） 点击H > lines ，H > spheres，就可隐藏线性结构和球性结构，只保留蛋白螺旋和小分子
   
   2）鼠标点击配体结构，右侧栏中会出现sele，点击A > rename selection 这样我们就可以改名，将sele替换成ligand;
   重复上次操作，将sele替换成ligand_res；
   在ligand_res这一栏的A > modify > aroud > residues within 4 A ,接着点击S > sticks， 点击H > cartoon ；
   就能得到下图配体4埃以内的残基分布、还包含了水分子（加入我们不分析水分子，点击H > waters 就可把水分子隐藏掉）：
   

3. 接着点击配体，会出现sele一栏，在该栏A > find > polar contacts > to other atoms in object，就会出现黄色的连线，点击sele_polar_conts一栏的S > labels，就会出现氢键距离。
   我们可以看到配体和一个残基和两个水分子的氧会生成氢键。
   
4. 命令行指的时红框
   
   输入以下命令就可以渲染出当前的图片

bg_color white		#背景颜色调成白色
ray
png hbond.png, 16.93cm, 16.93cm, dpi=300
save hbond.png

• 关于hbond.png所在的位置，我的一般会出现在C:\Users\86183下，如果不知道出现在哪里，就可在电脑中直接搜索hbond.png，这样可以找到

4. 做完图，点击File > Save Session as ，这样保存成XXX.pse文件，方便下次修改调整