本文介绍了使用R的DESeq包进行基因差异表达分析的方法，包括采用负二项分布检验、处理基因表达量的标准化以及在安装过程中可能遇到的问题。在分析过程中，详细展示了读取不同样本的counts数据、创建数据集、设定实验设计、估计大小因素和分散度的步骤。最后，通过nbinomTest函数得出显著性差异的基因数量。
DESeq采用NB（负二项分布检验的方式）对reads数进行差异显著性检验，同时还增加了矫正由于长度引起的误差，估算基因表达量的方式采用basemean值来估算表达量（标准化以后）这里，我在R下安装DESeq包出现了一些问题帮助总结一下。
首先，我的R是15.0版本
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite（‘DEseq’）
会出现安装成功
loading的时候缺少locfit包则需要再输入（locfit包只在15.1版本下编译的，不过貌似没什么问题）
biocLite（‘locfit’）
再loading会出现缺少xtable包
输入
biocLite（‘xtable’）
在loading会出现XML报错
输入
biocLite（‘XML’）
这样DESeq就运行没有问题了。
注中间可能会出现某个包无法安装的情况，注意检查网络连接
下面具体的如何进行差异显著性检验，我参考别人的数据，这里计算出reads在每个样本中各个基因上的counts数文件，下面couns_...分别表示6个样本（三个重复对照三个重复处理组）
library(DESeq)
setwd("wherethe data is")
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