CloudSharing-CSDN博客

在统计高斯输出文件单点能时，如果只是几个输出文件，手动提取不觉得麻烦，但是如果是几十个，甚至是上万个，手动提取能量显然不太现实，下面的Shell脚本可以批量实现一键提取，自取之：#!/bin/bashdir=AbnormalEnergymkdir ${dir}for i in ./*.out #这里./是避免文件名中存在特殊字符，如连接符'-'doaa=`more ${i} | grep 'Normal termination'|cut -c 1-7` #在文件中搜索 'Normal te

2022-03-07 20:06:36 1531 1

原创 linux对文件或文件夹操作时，如果遇到含有特殊字符的处理方式

linux系统在对文件或文件夹操作时，如果遇到特殊字符，以下作为参考：1. 文件和文件夹的名称中有特殊字符，操作有两种方式：例如：文件名为 x&y.za、通过转移符 "\"$ dos2unix x\&y.z$ touch x\&y.z$ cp x\&y.z test.z$ rm-f x\&y.zb、通过双引号括起来$ dos2unix "x&y.z"$ touch "x&y.z"$ cp "x&am.

2022-03-07 10:59:49 5869

原创 Python实现：在高斯计算中，如何操控客体分子穿过主体分子（或者客体分子围绕主体分子的任意方向旋转）和计算该过程能量变化（Gaussion09和Gaussion16输入文件为例，一键批量处理）

注：该Python代码可以实现所有高斯（Gauss）计算输入文件的处理（特别是针对超分子体系的路径建模非常有用，也可以作为处理其它体系的参考）。正文如下：超分子建模过程中，如果需要模拟客体分子穿过主体分子孔洞的过程（如小分子穿过大环分子）的能量变化，或者相互作用力的变化，具体实例如图一所示，球状富勒烯C60穿过一个分子环的过程。图一假设大环是由10个苯环通过σ键连接而成，形成[10]CPP，中文名称10环对苯撑，富勒烯C60分...

2022-02-23 21:06:39 2645 3

原创 Python实现：已知化学分子的输入文件坐标（高斯计算输入文件为例），求其中任意三个原子确定的平面的法向量和单位法向量

计算化学在处理实际化学问题时，比如需要在某一化学平面的法向量上进行分子操作，这时最重要的是确定化学平面和求法向量，才能进行后续的操作（如下图所示），下面以高斯输入文件为例，用python代码实现该功能，包括以下两部分：1. 确定化学平面：一般通过三个点确定，也就是三个原子的坐标确定一个化学平面；2. 计算法向量和单位法向量以下输入文件为例：以下信息复制到新文件，命名为xx.gjf，具体如下：%nprocshared=2...

2022-02-18 17:14:48 1797

原创 Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接（详细讲解）

linux系统为centos7.0按照下面操作安装AutoDockTools（MGLTools）1. 下载安装包，链接（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/），我的linux系统是64位，下载红色标记源代码，拷贝入linux目标文件夹下。2. shell终端进行安装：1. 终端进入安装包所在文件夹，并获取root权限；赋予代码安装权限；cd /home/... #目标文件夹，根据目标程序文件位置进行更改su #获

2022-02-09 16:57:59 15839 6

原创用Python写炸金花代码，学习python语言精品案例

以下代码对于练习python相关的条件循环语句、自定义函数及函数调用、列表、字典、变量运算、基本逻辑等的练习很有帮助，特别是如何使用python语言解决实际问题的思路，且具有一定趣味性，对于Python新手是一个很好的实例。（代码是实现逻辑的重要手段，其中逻辑是根本，代码是手段。逻辑可以在学习代码基础语法过程中慢慢培养，有一定天花板，吃天赋，但通过练习足以应付大多数工作场景逻辑。不管如何，代码基础语法是根基，一定得靠不断的练习，读万卷书才能拨云见雾。加油，少年。。。）炸金花的代码，依照以下逻辑：.

2022-01-25 16:41:00 2834

原创用Python代码批量处理CP2K动力学计算结果坐标文件(适合数万个分子坐标的批处理)

文件中特定几个原子与分子上其它特定基团原子的距离中，筛选最短距离，比如统计在动力学计算中π-π堆叠的最近距离变化趋势等，代码适合计算化学相关领域人士阅读，该脚本可以极大提高处理具有重复单元的大文件工作效率。通过CP2K计算的分子动力学结果文件，目的是处理输出的坐标文件（不限于坐标文件，比如电荷、波函数、电子密度等处理，简单说就是用于处理一切重复单元的大文本文件）：以下是CP2K输出的坐标格式： 264 #代表该分子一共有264个原子i = ...

2022-01-11 21:50:58 1907