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原创 生信机器学习入门3 - Scikit-Learn训练机器学习分类感知器

Scikit-Learn训练机器学习分类感知器

2024-08-30 20:11:39 490

原创 生信软件32 - 变异位点危害性评估预测工具合集

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2024-08-30 17:41:21 279

原创 生信技能57 - Samtools获取指定外显子区域depth和提取BAM文件序列

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2024-08-24 07:00:00 57

原创 生信软件31 - Bcftools操作VCF/BCF文件高级用法合集

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2024-08-24 03:00:00 1524

原创 Python处理生信分析流程配置文件4种方法

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2024-08-21 17:09:44 354

原创 生信分析进阶8 - 提取hg19/hg38参考基因组着丝粒和端粒区域(灰区)bed

对hg19/hg38参考基因组着丝粒区域、端粒区域、微卫星重复区域和异常比对区域等进行统计,输出bed文件

2024-08-21 10:22:36 40

原创 生信软件30 - 快速单倍型分析工具merlin

Merlin可用于连锁分析或关联分析、IBD和亲缘关系估计、单倍型分析、错误检测和模拟。

2024-08-17 17:50:16 884

原创 轻量级TinyDB数据库文件写入和增删改查操作

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2024-08-16 17:22:34 318

原创 基因组学系列4:参考转录本数据库MANE

参考转录本数据库MANE

2024-08-16 09:47:42 1050

原创 生信技能56 - 去除重复BAM文件的窗口reads计数方法

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2024-08-14 22:09:25 51

原创 生信软件29 - 三代数据高效映射精确的长读段比对工具mapquik

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2024-08-09 22:46:08 839

原创 Marsilea可视化单细胞RNA-seq和空间转录组数据

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2024-08-09 09:47:59 261

原创 单细胞测序全基因组扩增(WGA)方法

简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR)、多重置换扩增(MDA)、多次退火环状循环扩增(MALBAC)

2024-08-08 10:31:31 440

原创 生信分析进阶7 - 人类CpG Islands数据bed文件下载

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2024-08-06 09:46:28 47

原创 生信技能55 - WisecondorX分析结果过滤和质控

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2024-08-01 21:31:18 102

原创 生信机器学习入门2 - 机器学习基本概念

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2024-08-01 17:46:04 996

原创 生信技能54 - WisecondorX多线程并行分析CNV

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2024-07-26 22:16:58 188

原创 生信技能53 - WisecondorX自动化批量npz转换和reference构建

wiseconrdoX分析CNV适用于CNVseq、NIPT和WGS等项目。

2024-07-26 15:58:43 60

原创 生信软件28 - fastq与bam的reads数量计算与双端fastq配对检测工具fastq-pair

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2024-07-24 09:55:43 831

原创 生信软件27 - 基于python的基因注释数据查询/检索库mygene

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2024-07-17 22:08:54 588

原创 生信软件26 - BWA-MEM比对算法性能更好的bwa-mem2

bwa-mem算法的下一个版本, 英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md和Sanchit Misra开发完成的,相比于bwa-mem速度快1.3-3.1倍。

2024-07-13 19:58:46 908

原创 基因组、染色体和基因水平上可视化拷贝数变异(CNVs)

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2024-07-13 10:12:13 721

原创 拷贝数变异测序CNV-seq与CNVs的评级

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2024-07-12 16:25:17 774

原创 生信软件25 - 三代测序数据灵敏比对工具ngmlr

将PacBio或Oxford Nanopore灵敏地与(大)参考基因组(比如人类参考基因组)对齐

2024-07-11 15:45:27 763

原创 生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换

对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换

2024-07-11 13:16:10 122

原创 三代测序结构变异分析 - 单样本Germline SV calling和多样本SV Calling

三代测序单样本Germline SV calling和多样本SV Calling

2024-07-10 15:53:19 111

原创 基因检测3 - 遗传性耳聋

非综合征型遗传性耳聋(NSHL)和综合征型遗传性耳聋(SHL)主要致病基因、遗传方式和表型

2024-07-10 10:00:49 569

原创 生信技能51 - 基于BAM文件的微生物污染分析流程

提取未比对到人类参考基因组的bam文件,将其比对到微生物参考基因组,根据比对情况查看是否存在污染

2024-07-09 19:52:31 76

原创 生信算法9 - 正则表达式匹配氨基酸序列、核型和字符串

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2024-07-04 22:03:11 501

原创 基因组学系列3:基因分型Phasing与单倍型参考序列HRC

基因分型Phasing与单倍型参考序列HRC

2024-07-04 12:34:24 1132

原创 三代测序PacBio&ONT reads过滤和修剪-Chooper和NanoFilt

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2024-07-03 10:18:28 449

原创 全外显子测序分析流程2 - BWA-MEM比对到参考基因组与BAM统计

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2024-07-02 16:38:05 120

原创 生信软件24 - 查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

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2024-07-02 10:21:49 961

原创 生信技能50 - 本地构建Clinvar数据库VCF变异位点快速搜索功能

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2024-06-28 11:59:28 177

原创 生信技能49 - 获取CNV染色体开始至结束区带长度和全部区带列表

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2024-06-26 17:14:34 85

原创 基因检测2 - 脆性X综合征

脆性X综合征FMR1致病基因,类型及临床表型

2024-06-25 14:06:22 834

原创 全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列

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2024-06-21 21:43:18 177

原创 生信软件23 - Samtools和GATK去除PCR重复方法汇总

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2024-06-21 11:34:21 797

原创 生信算法8 - HGVS转换与氨基酸字母表

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2024-06-20 17:20:06 625

原创 生信分析进阶6 - 基于karyoploteR包进行SNP芯片CNV分析及可视化

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2024-06-19 15:47:02 152

已知人类血红蛋白变异数据库(HbVar)的地贫结构变异(SV)缺失类型区域

HBA区域: chr16_132744_279999, 约147kbp HBB区域: chr11_5221230_5321230, 约100kbp

2024-08-19

人类参考基因组hg19和GRCh38测序盲区坐标文件

重复序列区域 GC异-GC高和GC低区域 端粒和着丝粒区域 假基因和高度同源基因 低比对分数区域 以上区域hg19为tsv文件和GRCh38为bed格式文件

2024-07-12

SNP芯片可视化示例数据,SNPArray.26T.txt

SNP芯片可视化示例数据,SNPArray.26T.txt

2024-06-17

SNP指纹图谱软件SNPT ,通过高通量测序获得的SNP,用最少的SNP数据区分尽量多的样品

压缩包包含以下三个文件: SNPT.exe demo_input.txt README_03.TXT

2024-05-17

人群CNV、单倍剂量不足基因DDG2P数据库文件

population_cnv_grch38.txt (人群CNV GRCH38数据文件) population_cnv_grch37.txt(人群CNV GRCH37数据文件) HI_Predictions_Version3.bed(单倍剂量不足基因数据库文件) DDG2P_22_4_2024.csv(DDG2P数据文件)

2024-05-15

NC-012920.1线粒体基因组序列及其BWA参考序列索引

NC_012920.1线粒体基因组序列及其BWA参考序列索引, 包含mt.fasta, mt.fasta.amb, mt.fasta.ann, mt.fasta.bwt, mt.fasta.fai, mt.fasta.pac, mt.fasta.sa 7个文件, 基因组长度chrM:16571

2024-05-15

单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程入门.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程入门

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)Seurat分析流程入门.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)Seurat分析流程入门

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建人类参考基因组注释.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建人类参考基因组注释

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

2024-05-12

单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合.md

单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合

2024-05-12

GenomeAnalysisTK(GATK3.8.0)便携版,无需编译直接使用

包含GenomeAnalysisTK.jar和README.md文件。 Linux使用 java -jar GenomeAnalysisTK.jar -h 可查看帮助文档,直接运行GATK3.8.0软件。

2024-04-29

华大基因2023年9月生物信息分析水平初测试题

华大基因2023年9月生物信息分析水平初测试题,涵盖LInux基本操作、基因组学基础知识,填充题、选择题和简答题形式

2024-04-11

R for beginners(中文版) 统计建模与R软件上册 统计建模与R软件下册

R for beginners(中文版) 统计建模与R软件上册 统计建模与R软件下册

2023-12-31

CopyNumberPlots R包软件中英文使用说明书

CopyNumberPlots R包软件中英文使用说明书

2023-12-11

2023年基因测序上下游市场研报

测序下游主要应用; 测序主要关注公司; 市场前景及预测

2023-12-11

2023年基于二代测序辅助生殖技术专题市场调研报告

辅助生殖技术快速发展; 政策助力辅助生殖上下游快速发展; 牌照、医生和技术形成三大核心壁垒; 美日辅助生殖行业发展; 医疗服务行业纵比

2023-12-11

CNV检测工具cnvpytor脚本程序和结果合并python程序,cnvpytor.zip

拷贝数变化CNV分析神器,基于Python内核,强化了CNVnator的可视化,模块化,功能和计算能力。CNVpytor用到了RD和BAF信息,可以更加准确的计算CNV和CNA。 cnvpytor_merge.py cnvpytor_calling.sh

2023-12-10

空空如也

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