利用python进行数据分析（八）

第三章

3.3文件读取与写入
当前工作目录下有一个名为in_file.txt的文本文档，其以fasta格式保存了一段蛋白序列：

>WP_006042265.1
MSTAIAQQKIRIRLKAFDRRMLDLSCDKIIETADNTAATAIGPIPLPTKRKIYCVLRSPHVDKDSREHFETRTHRRIIDI
YSPSAKTIDALMKLDLPSGVDIEVKL

1）读取整个文件

>>>with open('in_file.txt') as file_object:
	   contents = file_object.read()
>>>print(contents)
>WP_006042265.1
MSTAIAQQKIRIRLKAFDRRMLDLSCDKIIETADNTAATAIGPIPLPTKRKIYCVLRSPHVDKDSREHFETRTHRRIIDI
YSPSAKTIDALMKLDLPSGVDIEVKL
#出现一个空行

首先使用with-open方法打开文件，open()接受要打开文件所在的目录和文件名，不提供目录的话则在当前文件夹下寻找文件，使用了with则不需要在访问文件后再将其关闭。也可以使用open()和close()方法来打开和关闭文件，但是有时候忘了关闭文件或者未妥善的在错误的时间关闭文件会造成错误。
然后使用方法read()来读取这个文件的全部内容，并将其作为一个字符串存在变量中，打印变量后发现最后多出了一个空行，这个空行不是文件内容所带的，而是read()在到达文件末尾时返回的一个空字符串，要删除末尾的空行，可以在print语句中使用rstrip()：

>>>print(contents.rstrip())
>WP_006042265