分子动力学amber R＜UNK 371＞.A＜BR1 48＞ does not have a type.

@[TOC]AMBER处理原子类型无法识别情况

amber R<UNK 371>.A<BR1 48> does not have a type.

在进行分子动力学模拟过程中，报错amber R<UNK 371>.A<BR1 48> does not have a type.

问题根源

主要是由于amber的力场文件中设置溴原子类型与我们文件中对应的原子名字定义不一致引起的。

解决方案：可以先看下amber自定义力场的原子类型，然后更改我们文件中原子名字

由于我的力场采用的是gaff2，所以看下这个文件中对应溴的定义，然后对我们的原子进行更改

vim $AMBERHOME/dat/leap/parm/gaff2.dat

更改前

更改后

然后再进行运行，就没有报错了，完美解决。