使用LEaP程序为Amber模拟创建必要文件检查蛋白时出现报错“FATAL: Atom .R<SEP 552>.A<N 1> does not have a type.”。![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/a153024177979fa42a0458a219f5b351.png)
原因:蛋白结构预处理未处理好,AMBER不能识别PDB文件里特定残基(<SEP 552>)的H原子。
解决办法:进行蛋白结构预处理,去除原子。
# 去除蛋白结构中的所有非蛋白残基、所有水分子 并为标准氨基酸残基添加缺失的重原子
pdb4amber -i model_1.pdb -o model_1_dry.pdb -p --dry --add-missing-atoms
# 去除所有氨基酸残基的H原子,从而只保留重原子的坐标
pdb4amber -i model_1_dry.pdb -o model_1_noH.pdb -y
# 格式化结构
pdb4amber -i model_1_noH.pdb -o model_1_processed.pdb
(model_1_processed.pdb仍然不包含H原子,因为稍后LeaP程序将会自动调用reduce添加它们,而无需在这里使用reduce。)
重新运行后解决问题