AMBER“FATAL: Atom .R＜SEP 552＞.A＜N 1＞ does not have a type.“

使用LEaP程序为Amber模拟创建必要文件检查蛋白时出现报错“FATAL: Atom .R<SEP 552>.A<N 1> does not have a type.”。

 

原因：蛋白结构预处理未处理好，AMBER不能识别PDB文件里特定残基(<SEP 552>)的H原子。

解决办法：进行蛋白结构预处理，去除原子。

# 去除蛋白结构中的所有非蛋白残基、所有水分子 并为标准氨基酸残基添加缺失的重原子

pdb4amber -i model_1.pdb -o model_1_dry.pdb -p --dry --add-missing-atoms

# 去除所有氨基酸残基的H原子，从而只保留重原子的坐标

pdb4amber -i model_1_dry.pdb -o model_1_noH.pdb -y

# 格式化结构

pdb4amber -i model_1_noH.pdb -o model_1_processed.pdb

(model_1_processed.pdb仍然不包含H原子，因为稍后LeaP程序将会自动调用reduce添加它们，而无需在这里使用reduce。)

重新运行后解决问题