DICOM笔记-医学图像读取涉及到的医学坐标体系

DICOM定义

  医疗数位影像传输协定（DICOM，DigitalImaging andCommunications inMedicine）是一组通用的标准协定，在对于医学影像的处理、储存、打印、传输上。它包含了档案格式的定义及网络通信协定。DICOM是以TCP/IP为基础的应用协定，并以TCP/IP联系各个系统。两个能接受DICOM格式的医疗仪器间，可借由DICOM格式的档案，来接收与交换影像及病人资料。

DICOM坐标系

  从当前人体MRI图像的DICOM文件中分析发现，文件包含了一些比较有价值的坐标信息。包括了解剖学坐标体系、图像坐标体系和参考坐标体系。

解剖学坐标体系

  三个面是分别对应以上三个人体，垂直于红色矢量的平面。
    矢状面：垂直于地面，左右分离人体，下图的红色平面。
    冠状面：垂直于地面，前后分离人体，下图的紫色平面。
    横截面：平行于地面，上下分离人体，下图的绿色平面。

图一：三视图

图二：三视图坐标轴正向方向

图像坐标体系

图三：图像坐标方向

  图像坐标体系即通常生活中会用到的平面xy坐标。以左上角为(0, 0)原点，向右为y轴正向，向下为x轴正向。

参考坐标体系

  参考坐标体系即Reference Coordinate System(RCS)。也是后续在坐标转换时候的目标坐标系，其符合各个对象实例之间的相对空间关系，功能近似于解剖学坐标体系。

坐标转换

  需求:已知磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging，简称MRI）在同一时刻得到的只有单个切面的一张图。如果在已有当前部位（比如说心脏）各个深度的dicom图像之后，想要构造完整的三维模型，就需要把当前图像都转换到统一的坐标系下之后再进行重建。
输入:数据前期处理部分略过，轮廓检测部分略过，这里主要整理的是坐标系转换的过程和对应的函数(matlab)。
  在这个过程中，DICOM头文件里面包含的有用信息包括：
  ImageOrientationPatient(0020,0037)：六元double数组。用来表示，在RCS坐标系下，当前图像平面的xy轴（记为x_plane和y_plane）方向单位长度的终点坐标。换句话说，是当前图像平面xy轴在RCS坐标系下的方向余弦。以下图为例，x_plane的方向余弦分别是θx1, θx2, θx3。y_plane的方向余弦分别是θy1, θy2, θy3, 则该变量代表的含义即 [θx1; θx2; θx3; θy1; θy2; θy3]，维度是6 * 1。

  ImagePositionPatient(0020,0032)：三元double数组。用于表示当前图像坐标的原点（左上角）在参考坐标体系下的坐标。具体见下图，主体XYZ坐标是参考坐标系，ImagePositionPatient即图中(P1, P2, P3)这个坐标，维度是3 * 1。

  Patient position( 0018,5100):是描述病人相对于CT或者MR等成像设备的位置。

值	含义	备注
HFP	head first-prone	头部先扫描，俯卧位
HFS	head first-supine	头部先扫描，仰卧位
HFDR	head first-decibitus right	头部先扫描，向右侧卧
HFDL	head first-decubiturs left	头部先扫描，向左侧卧
FFP	feet first-prone	脚部先扫描，俯卧位
FFS	feet first-supine	脚部先扫描，仰卧位
FFDR	feet first-decibitus right	脚部先扫描，向右侧卧
FFDL	feet first-decubiturs left	脚部先扫描，向左侧卧

  SliceThickness(0018,0050)：Double变量。通常称同一个部位，不同深度的MRI图像为不同的slice。SliceThickness用于表示单层图像的厚度，通常和层间距相同，这个值在同一个对象的MRI图象中一般是一个定值。
  PixelSpacing(0028,0030)：二元Double数组。用来表示当前二维图像坐标上，xy轴的单位长度，在实际坐标系中所占据的长度。同样在同一个对象的MRI图象中一般是一个定值，并且xy方向相同。

参考文献

1.https://blog.csdn.net/sunyao_123/article/details/72801429
2.https://blog.csdn.net/zssureqh/article/details/61636150
3.https://zhuanlan.zhihu.com/p/37230575