VTK笔记-vtkImageData转换cv::Mat

遇到的问题

  short类型的二维数据使用opencv显示，出现的图像不正确；

图像与位深

  图像是由一个一个像素点或者体素点构成。每个像素点或者体素点上的标量数值用来记录表示某种含义的数值，不同领域中数值含义不同。这个数值的类型可以从一个字节到多个字节，在计算机系统中与之相类似的概念是字长，不同系统的字长可能不一样，32位系统和64位的字长就不一样，一个是2个字节另外一个是4个字节。数值类型就是从Char到float、double或者long类型；
  色深（Color Depth），是“色彩的深度”，这里的“深度”就是指精细度，色深又叫“色位深”，看名字就可以知道，色深也是位深的一部分，用来描述色彩的精细度。与之前标量数值类型相同，高精细度的标量数值就是要使用高精度数值类型，比如float或者double，或者是放大后的short与long类型等等。
  在医学图像处理中，CT的DICOM文件中图像一般是short类型表示一个像素值，PET的DICOM文件中图像一般是short或者float类型存储；
  我们在日常处理中，会使用DCMTK读取DICOM文件，获取数据部分，就是拿到了图像的二维矩阵，使用OpenCV处理后，保存下来；或者是使用VTK生成vtkImageData后，使用vtkWindowToImageFilter类获取到渲染窗口图像后，转换为OpenCV的Mat进行处理或者imshow显示；
  图像在VTK模式下纵坐标增长方向朝上（0行在最下面），而OpenCV下纵坐标增长朝下（0行在最上面），如果要保持相同的显示效果，就需要沿水平轴翻转。

vtkImageData转换cv::Mat

  主要处理步骤：
    1.将位深从short类型变换为char类型，opencv中保持单通道数据，界面显示灰度图像；
    2.图像从short类型到char类型，有一个窗宽和窗位的处理过程，将数值约束在[0,255]范围内；之前有笔记记录了关于窗宽和窗位的相关内容: 医学知识-CT的窗宽窗位，其中提供了函数ConvertDigitImageToGrayImageByWindowLevelAndWindowWidth用于将图像二维矩阵根据窗宽和窗位转换为[0,255]范围内。
    3.对图像进行垂直翻转，可以使用OpenCV的flip函数，也可以自己使用数据指针进行变换；

代码

  稍微修改一下灰度图像的数值类型为char*；

void ConvertDigitImageToGrayImageByWindowLevelAndWindowWidth(short* digitImage, char* grayImage, int size,
	int window_level, int window_width)
{
	double rate = 256.0 / window_width;
	for (size_t i = 0; i < size; i++) {
		int tmp = 128.0 + (digitImage[i] - window_level) * rate;
		if (tmp < 0) {
			tmp = 0;
		}
		else if (tmp > 255) {
			tmp = 255;
		}
		grayImage[i] = tmp;
	}
}

  从GetOutput()中获取标量数据的指针创建Mat类型对象，并用imshow显示；
  使用GetOutput()->GetScalarType()的标量数据类型，据此创建Mat的数据类型；

cv::Mat img(height, width, CV_16SC1, reslice->GetOutput()->GetScalarPointer());
cv::imshow("ImageResliceExample", img);

  使用VTK显示的渲染交互窗口内的图像，如下：

  使用OpenCV的imshow显示的图像；

  经过窗宽窗位调整后的图像，显示如下图，明显与VTK的图像上下颠倒；

ConvertDigitImageToGrayImageByWindowLevelAndWindowWidth(buf, pCharBUF, size, 500, 1200);
cv::Mat img(512, 512, CV_8UC1, pCharBUF);
imshow("Image", img);

  经过flip后的显示如下图：

ConvertDigitImageToGrayImageByWindowLevelAndWindowWidth(buf, pCharBUF, size, 500, 1200);
cv::Mat img(512, 512, CV_8UC1, pCharBUF);
cv::flip(img, img, 0);
imshow("Image", img);

参考资料

1.vtkImageData转换为cv::Mat
2.vtkImageData转换成cv::Mat
3.什么是比特位深(Bit Depth)？