AFNI学习

最新推荐文章于 2024-07-12 19:06:42 发布
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分类专栏： 医学影像工具 AFNI 文章标签： python 经验分享
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本文链接：https://blog.csdn.net/lixueximatlab/article/details/109316458
版权

AFNI学习记录（更新中）

一、学习资料

1.官方操作文档：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/main_toc.html入口

2.安迪大脑书：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/AFNI/AFNI_Short_Course/AFNI_Preprocessing/01_AFNI_Commands_uber_subject.html入口

3.B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1pt4y117dAUP主空间

4.YouTube：https://www.youtube.com/watch?v=maWZlMO8O6s&list=PLyGKBDfnk-iA3VYkWb8EMdsFxqtZF5入口

编程学习中
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专栏目录
afni_doc：AFNI软件包的文档（主要是用于生成HTML文档的RST）
02-16
通过阅读和理解"afni_doc"中的RST文件，用户可以深入学习AFNI软件，提升在神经影像学研究中的数据分析能力。同时，由于AFNI是开源软件，文档也鼓励用户参与到软件的改进和扩展中，为科研社区贡献力量。
Ubuntu16.04下AFNI快速安装
x_zliang的专栏
04-30 2895
AFNI快速安装 （安装环境Ubuntu16.04，安装目录：/usr/local/bin，AFNI软件版本：linux_ubuntu_16_64.tgz，软件下载地址：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html#download-current-precompiled...
Linux实用工具（AFNI）
qq_44748946的博客
03-12 1409
AFNI安装教程（亲测有效） 联网环境下进行： 1.将安装包linux_ubuntu_16_64.tgz拷贝到Linux的桌面。 2.右键terminal。进入Linux命令窗口。 3.输入cd ~/Desktop。进入linux_ubuntu_16_64.tgz存放的路径。 4.输入sudo cp linux_ubuntu_16_64.tgz /usr/local/bin。注意空格。 5.输入sudo cd /usr/local/bin。进入该目录。 6.输入sudo tar zxvf linux_ubu
AFNI 安装时路径PATH的设置方法
m0_61214398的博客
08-26 639
呵呵，你以为看了官网的介绍就都能顺利安装了？反正我是折腾了起码10h。话不多说，往下看。 第一：进入afni官网页面https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/install_instructs/steps_linux_ubuntu18.html# 在网页的左边对照自己安装平台的版本，比如我的是Ubuntu18.04，那就选18.04这个点进去，我也是眼睛打飞机，一开始搞了半天结果安装的是15.0的版本，吐血。。
功能核磁共振影像分析AFNI教程（1）
qq_27273607的博客
09-25 3773
AFNI有丰富的学习资源，但是可能入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句就可以完成。首先，介绍一个学习网址， https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9 首先，需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。 介绍第一个fmri实验，Speech Perception...
在ubuntu19.10下安装AFNI
clancy_wu的博客
10-29 1634
上一篇写的计算FA值，有点错误，校正的步骤不对。最近听师兄的意见，用dtitk计算每个被试的tensor，然后可以计算出每一个病人的FA，再带入tbss第三步统计计算。 在用dtitk的过程中，涉及到用matlab调用load_untouch_nii函数，而这个函数属于AFNI的，所以今天搞定了AFNI的安装，记录一笔。 声明：以下步骤均来自AFNI官网，建议大家直接去AFNI官网看安装步骤，h...
linux_ubuntu_16_64.tgz
03-12
- AFNI命令行语法：学习AFNI提供的各种命令及其参数，如`3dDeconvolve`用于模型估计，`3dClustSim`用于确定统计显著性阈值。 - 图形界面：AFNI提供了一个叫做`AFNI_developer`的图形用户界面，但更常见的使用方式是...
Utilities:该项目包含脚本和程序，这些脚本和程序主要与涉及大脑内部语言处理的实验性功能磁共振成像研究的处理有关。 它还包含用于与fMRI处理无关的其他实验室项目的程序和脚本。 该信息库的主要目的是作为研究人员的资源，以总体上为fMRI处理和编码脚本做出贡献，学习和协助
05-02
该存储库的主要目的是作为研究人员的资源，以帮助他们从总体上对fMRI处理和编码/脚本做出贡献，学习和协助。 许多功能磁共振成像特定脚本使用作为功​​能磁共振成像分析和预处理的主要工具。 但是，也有一些使用...
nipype:神经影像软件包的工作流程和接口
03-31
Nipype提供的环境鼓励交互式探索来自不同软件包（例如SPM，FSL，FreeSurfer，AFNI，Slicer，ANTS）的算法，简化了软件包内部和软件包之间的工作流程设计，并减少了使用不同软件包所需的学习曲线。 Nipype正在使用...
Ubuntu下安装AFNI和FSL.pdf
07-04
如何在Ubuntu16.04的环境下安装afni和fsl。
Handbook_of_Functional_MRI_Data_Analysis_(0521517664).pdf.zip
06-16
10. **软件和工具**：书中可能推荐并详细介绍了常用的fMRI数据分析软件，如FSL、SPM、AFNI、FreeSurfer等，以及如何使用它们进行数据处理和分析。 通过《功能磁共振成像数据分析手册》，读者不仅可以学习到fMRI的...
spm，afni的安装和使用心得
热门推荐
Kingbeful的专栏
09-20 1万+
原文地址： http://hi.baidu.com/luo_xiang/blog/item/8866662990d5f0fb99250afb.html一、Spm的安装与启动：先安装matlab，然后将spm复制到matlab下的一个文件夹（Spm2需要和matlab6.0或以上版本配合使用）。启动matlab，首先set path，然后在matlab命令窗口中输入spm即可启动，然后选择f
AFNI数据处理基本步骤
分享互联网
08-25 3459
AFNI数据处理基本步骤 (1) 原始功能像的重建(reconstruction of raw functional images) (P-files) (2) 转换成AFNI格式(conversion to AFNI format) (3) 功能像层面时间校正和运动校正(slice timing correction and motion correction of functional im
<AFNI>Task based process
Welcome to DaxinPai's Blog
11-10 431
AFNI
<AFNI>AFNI使用要点
Welcome to DaxinPai's Blog
06-30 1692
AFNI
nipype处理核磁数据(三)——MATLAB、SPM、ANTs、AFNI的安装
faceSunshine的博客
11-21 7025
nipype处理核磁数据(三)——MATLAB、SPM、ANTs、AFNI的安装 都是基于虚拟机Linux系统的安装，我自己用的ubuntu 1.MATLAB   （安装不难，就是文件比较大，需要网好点的地方下载安装包，不然很崩溃。。。。） 第一步：下载安装包  建议下载的时候三个分开下，一个完成再下另一个，解压方便 下载地址：链接：http://pan.baidu.com/s/1pL83
ubuntu14.04安装afni
selous的专栏
03-08 1646
撰写时间：2018.3.8 内容概述：本博客主要介绍在ubuntu14.04的环境下如何安装afni。在官网上的该页面下介绍了好几种安装方式。本文采用的是1.2.3. To: download current precompiled AFNI binaries，使用预编译好的安装包，解压即能使用的这种。 系统环境：ubuntu14.04 1.下载预编译好的安装包 ubuntu14.04...
【持续集成_05课_Linux部署SonarQube及结合开发项目部署】
最新发布
weixin_42333261的博客
07-12 294
前置条件：sonarQube不能使用root账号进行启动，所以需要创建普通用户及。3）CMD上传qube文件-不能传到home路径下哦。2）添加用户、组名、密码。4）检查并解压上传的包。
聊聊如何在内网下构建大模型微调环境
python1234567_的博客
07-12 928
LlamaFactory新版更新后，还是比较方便，只是说llamafactory-cli命令的确是有点蒙，踩个坑就好了。对于LlamaFactory微调来说，本身不难，毕竟都是配置；主要是在内网环境下的依赖包拉取安装是真麻烦，但其实也还好。走一遍的话，还是可以学到很多的。​。
afni autorange
07-28
根据引用\[1\]和引用\[2\]，afni autorange是AFNI软件中的一个功能，用于自动调整图像的亮度范围。在安装AFNI之前，需要按照引用\[3\]中提供的步骤安装AFNI的依赖包。安装完成后，可以使用afni autorange命令来自动调整图像的亮度范围。具体的使用方法可以参考AFNI官网提供的文档。 #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [在ubuntu19.10下安装AFNI](https://blog.csdn.net/clancy_wu/article/details/102805127)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [AFNI 安装时路径PATH的设置方法](https://blog.csdn.net/m0_61214398/article/details/119923093)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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