脑功能影像分析工具包afni指令-3dcalc-做体素之间的计算

3dcalc - AFNI’s calculator program

用法1：
3dcalc -a dsetA [-b dsetB…] \
-expr EXPRESSION \
[options]
例子：
计算三个afni文件的对应像素的均值，

 3dcalc -a fred+tlrc -b ethel+tlrc -c lucy+tlrc \
            -expr '(a+b+c)/3' -prefix subjects_mean   

用法2：
可以对afni数据集中的sub-bricks对应的像素做代数运算
例子：

3dcalc -a 'func+orig[2]' -b 'func+orig[4]' -expr 'sqrt(a*b)'    

用法3：
产生一个mask,小于某个阈值的像素值设置为0

3dcalc -a 'func+orig[0]' -expr 'ispositive(a-3.14159)' \
            -prefix mask    

用法4：
Create a compound mask from a statistical dataset, where 3 stimuli show activation
从三个脑区激活图(共同激活的部分)里产生一个混合的mask，

3dcalc -a 'func+orig[12]' -b 'func+orig[15]' -c 'func+orig[18]' \
            -expr 'step(a-4.2)*step(b-2.9)*step(c-3.1)'              \
            -prefix compound_mask 

用法5：showing all combinations of activations，展示所有各种组合脑区激活的区域；
and The output mask dataset labels voxel values as such

0 = none active    1 = A only active    2 = B only active       
3 = A and B only   4 = C only active    5 = A and C only        
6 = B and C only   7 = all A, B, and C active    

3dcalc -a 'func+orig[12]' -b 'func+orig[15]' -c 'func+orig[18]' \
            -expr 'step(a-4.2)+2*step(b-2.9)+4*step(c-3.1)'          \
            -prefix mask_8