在ubuntu19.10下安装AFNI

上一篇写的计算FA值，有点错误，校正的步骤不对。最近听师兄的意见，用dtitk计算每个被试的tensor，然后可以计算出每一个病人的FA，再带入tbss第三步统计计算。

在用dtitk的过程中，涉及到用matlab调用load_untouch_nii函数，而这个函数属于AFNI的，所以今天搞定了AFNI的安装，记录一笔。

声明：以下步骤均来自AFNI官网，建议大家直接去AFNI官网看安装步骤，https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/install_instructs/steps_linux_ubuntu18.html#what-to-do，偷懒的话可以看我这。

AFNI的安装最难受的一步应该是安装包的下载，1个多G，我是找的国外的同学帮我下载的，国内的话不知道什么原因，几kb的速度，很烦躁。

系统是Ubuntu19.10，AFNI的软件包是linux_ubuntu_16_64
一：安装依赖包
建议去官网复制粘贴，官网很全面，我这里贴一下代码，从AFNI的官网复制过来

sudo add-apt-repository universe
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y tcsh xfonts-base python-qt4       \
                        gsl-bin netpbm gnome-tweak-tool   \
                        libjpeg62 xvfb xterm vim curl     \
                        gedit evince eog                  \
                        libglu1-mesa-dev libglw1-mesa     \
                        libxm4 build-essential            \
                        libcurl4-openssl-dev libxml2-dev  \
                        libssl-dev libgfortran3           \
                        gnome-terminal nautilus           \
                        gnome-icon-theme-symbolic         \
                        firefox
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.19

等待一段时间，等依赖包安装完毕。
二：解压安装

curl -O https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/bin/misc/@update.afni.binaries
tcsh @update.afni.binaries -local_package ~/Downloads/linux_ubuntu_16_64.tgz -do_extras

复制粘贴：

cp $HOME/abin/AFNI.afnirc $HOME/.afnirc
#在这里重新打开terminal，或者source一下bashrc，让环境生效
suma -update_env

安装R

export R_LIBS=$HOME/R
mkdir  $R_LIBS
echo  'setenv R_LIBS ~/R'     >> ~/.cshrc
echo  'export R_LIBS=$HOME/R' >> ~/.bashrc

然后

rPkgsInstall -pkgs ALL

四：评估系统

afni_system_check.py -check_all
afni
suma

uhh。。。我还是先把自己的tensor和白质算完了，再去学AFNI把，深感时间不够，功能的分析，结构的分析，都需要精通。