最近两篇Nature子刊的经验与教训

应一些朋友要求，写写自己最近两篇文章（一篇article，一篇letter）的一些感想和教训，算是对前期工作的一个总结。

首先报简历：04-08（本科），08-至今 （研究生），土博一个，暂时还没出过国门。

介绍一下两个子刊Nature Geoscience和Nature Communcations。
Nature Geoscience是08年创刊的地球科学子刊，今年影响因子10.39，这个在影响因子在很多化学、生物的同行眼里可能很低，但是在地球科学里面是很有含金量的。地球科学尤其是地质类 有影 响力的一区专业期刊，一般也就4点多一点，还有一些不到4的。即使是Nature主刊，如果只考虑地球科学方面的文章的话，影响因子估计也很难超过15，这可能跟地球科学相对比较冷门有关 吧。
N ature Communcations是2010年创刊的新子刊，宗旨跟Nature主刊比较一致， 目前还没有影响因子，但估计会超过Nature Geoscience， 含金量有待考验。

先说说第一篇Nature Communication 文章，是有关南海和热带太平洋过去千年气候变化的，今年四月已经出版（ http://www.nature.com/ncomms/journal/v2/n4/full/ncomms1297.html ）。这篇文章应该是我写的第二个文章，却是第五篇接收的文章，其中的曲折与苦涩，现在体会起来还有种心有余悸的感觉。

很早就开始关注气候变化方面的东西，回想起来，本科时陈老师的《大气海洋学》应该算是我的启蒙了，陈老师的课上的很好，收获很大，给了我初步但全面的大气海洋 学知识，这在做地质的同行里面是比较难得的。再后来就是刘老师的《全新世生态地质学》和《层圈地球化学》，刘老师的课上的也很好，几 乎每次课后我都会跟他讨论，而他每次都会塞给我一优盘的文 献（当时是1G的优盘啊） ，在他的鼓励和监督下，我在大三和大四的两年时间里看了大量这方面的文献，这些文献的 累积是我后来做事情的基础。
从我的感受来讲，看文献有四个阶段 ，第一阶段：当你把你这个方 向比较有代表性文章大致看了后你会觉得这个行当似乎做的很不错了，很多事情清晰明了，这时候其实 你还没有入行。第二阶段：进一步深入的 看，开始发现问题，怎么有的文章这样说，有的文章确是相反的结果，或者感觉有人在吵 架似的，然后自己就糊涂了，到底谁出了问题？这个时候你开始入行了。第三阶段：这个阶段是我自认为 做的最好的一个阶段 ，为了弄清楚我们这个方向的问题，我把我们这个方向发表 在Nature，Science以及一些顶级专业期刊的文章按年代重新梳理 了一下，从头开始看，一步一步了解这个学科的发展，它是 怎么一步一步走过来的，中间出现了什么争论，最后是怎么解决的。然后到了现在，还有哪些问题没 有解决，或者还有哪些问题存在争论。第四 阶段：将你了解的存在争论，或者是没有解决的焦点问题综合起来，结合自 己所处环境的条件，思考看有没有办法解决其中的某一个问题，怎样做才有可能回答这些问题？
我后来做的东西就是源于一个这样思考出来的问题，这个问题的关键就是两个经典理论之间存在矛盾，如果一个理论是正确的，那么另一个理论就会被挑战。而当时想到的就是南海的古气候记录 可能能够将他们之间的矛盾明确化。于是决定从南海下手，为了能够做这方面的工作，在 大四毕业之前，曾经到广州南海海洋所一位老师那里做过一次大研，可惜因为一些其他的原因最终没能在那里继续读研。从所里面回来后，就进入我现在导师的课题组。很幸运的是，在我大四下的时候（08年上半年），我们课题组新到了一个南海的项目，有机会去南海考察；我导师给了我很大的信任，在我还没本科毕业的时候（大四下学期）就将我派到了南海考察，这个机会是非常难得的，我应该算非常幸运了，没有他的信任也许就没有我现在做的东西了。
从南海考察回来，开始对实验室先前做的一些南海的工作按照我的思路进行重新整理，并对新采的样品进行了一些分析。然后开始写文章，大约在08年11月份左右的 时候完成第一次草稿，然后经过长时间的思考，修改，在09年7月开始第一次投稿。在结合看的文献为基础进行评估后，选择将文章投到了Nature主刊，前期很顺利，很快进入外审阶段，这让我异常兴奋，进入na ture外审并不是很容易，这证明我们的观点得到了初步的认。但是很遗憾，一个月后我收到了这个文章的拒信，认真看过三个审稿者的意见后，发现其实三个审稿意见都挺积极的，对这个文章的思路以及意义都给与了很高的评价，其中一个审稿者甚至直接说整个文章的构架和结论完全达到了在nature发表的水平。遗憾的是，对于文章给与的证据，三个审稿者普遍认为还需要更进一步确认。仔细回想起来，其实被提到的几个问题都是我之前所预料到的，只是基于侥幸心里而没有充分的重视。而且这些全是一些基本的技术问题，完全可以通过更多更详细的实验数据来弥补，可惜当时没有做。这件事情给了我很大的教训就是科研一定要踏实，容不得半点马虎，任何一个小的问题都有可能毁掉你长时间的努力， Idea重要，细节更重要。
在被Nature主刊拒掉后，重新做了一些实验，并对文章的细节进行了较充分的修改，这期间，得到了港大柳老师的帮助，柳老师算是我师兄，也是我老师，他的水平很高，给我提的几个问题都是一针见血。改好文章后，在2010年3月我们将文章投到了Nature Geoscience，经历了三个月的审稿后，我们收到了审稿意见。从审稿意见来看非常不错，审稿人基本都推荐发表，其中一个甚至说是big contribution to Nature Geoscience。但是我们发现编辑的态度却并不是很好，开始我们没有注意，后来柳老师提醒我们，说我们的文章的观点直接反对了编辑的一些代表性工作，这让这个文章蒙上了一些阴影；果然，我们修改的文章返回后，拖了三个月，编辑给我们回信说其中两个审稿人没有时间审稿了，剩下一个审稿人说让编辑做决定；编辑说考虑到我们这个文章说的问题还存在较大的争议，决定暂时不录用我们的文章。。。这个结果让我很崩溃，几乎没有了继续坚持下去的信心。
再次小修文章后（这其中得到了WHOI的Delia Oppo教授的帮助），我们将文章投往了Nature的新子刊Nature Communcations，很快编辑就送审了我们的文章，一个月之后我们再次收到审稿意见，审稿人的意见都不错，修改之后返回审稿人大约一个月后，我们收到了推荐发表的信，这个时候已经是2011年3月31了，距离第一次投稿已经有1年零8个月，距离构思这个文章已经超过两年半了。。。


第二篇文章是在投稿第一篇文章过程中开始写的，算是第一篇文章的进一步纵深工作，2009年11月第一稿完成，2010三月开始投稿，几近周折，2011年7月14正式被Nature Geoscience接受，从第一稿完成到接受共一年零八个月。

这个文章由于还没有出版，暂时不做更多的介绍，但是有个教训需要跟大家分享。这篇文章最开始投稿的地方并不是Nature Geoscience，而是Science。在Science也很顺利的进入了外审，但是审稿结果出现了我们非常不愿意看到的结果。两个审稿人，一个审稿人推荐小修发表，另一个审稿人很直接的拒掉了我们的文章，他认为我们文章涉嫌剽窃，他的理由是我们的文章的Introduction里面有两句话是跟别人发表的文章的话是一样的。这对我来讲是非常受教育的，我的英语不是很好，所以在写Introduction的时候我看别人表达的意思跟我一样，而他又写的比我好，我就直接拿来了，没想到犯此错误。而且后来经过我跟一些国外学者的交流发现，这种做法确实是可以定性为剽窃的，即使是没有涉及文章的核心内容也是如此，所以这个教训是需要谨记的。

最后想说两点感想
第一，            所有高水平的成果的出来都是团 队合作的结果，每一个人的贡献都是不可替代的。一个人不是万能的，即使你再优秀，也有你解决不了的问题。
第二，            借用前段时间听到的一位老师的话（有轻微 更改）：做科研=10%的天赋+10%的运 气+80%的努力。努力与坚持是最重要的，每一位负责 任的、认真做事的人都是值得尊重的。