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任务介绍
本项目是基于Unet网络对心肌图像进行心池和心肌分割。写这篇博客为了记录下我在写模型时遇到的bug和思考,我发现好像没有一篇从头到尾的笔记,我作为小白真的遇到了很多大坑,所以写写我建模的整个过程。一把辛酸泪www
如果碰巧你也遇到了这些bug,希望我的方法能帮助你呀。
最后贴上全部代码:GitHub
数据来源及预处理
- 数据介绍
数据为45位病人LGE MRI图像,数据格式为nii.gz。随机抽选9张图像为训练集,validation dataset比例为10%。
1)先将3Dnii.gz图像转换成2D切片
nii.gz是医学图像常用的格式。可以通过SimpleITK库处理。
将3D图像转成2D切片的思路很简单,因为是按列表存储将一张张2D切片存储成3D图像的。
完整代码过长,具体见GitHub
def load_img(path):
img = sitk.ReadImage(path)
data = sitk.GetArrayFromImage(img)
return data
def clip_img(img,path):
for i in range(img.shape[0])
clip = img[i]
clip = clip[0:240,0:240]
clip_file = os.path.join