利用phytree对象的方法创建一个进化树的基本框架,其中图元素都是静态的。
tr=phytreeread(‘pf00002.tree’);
plot(tr)
将Phytree对象信息导入Biograph对象,以便创建一个动态框架,首先,从PHYTREE中提取信息。利用get函数获得PHYTREE属性,利用getmatrix方法获得连接矩阵。
[names,nn,nb,n1]=get(tr,‘NodeNames’,‘NumNodes’,‘NumBranches’,‘NumLeaves’);
cm=getmatrix(tr);
cm=flipud(fliplr(cm));
names=flipud(names);
bg=biograph(cm,names)
dolayout(bg)
bgInViewer=view(bg)
进化树一
进化树二
进化树三
分支节点的颜色
生物信息学分析与实践------MATLAB生物信息学工具箱应用----刘伟、孙志强、杨森编著-----【M】北京:中国工信出版社与电子工业出版社
MATLAB相互作用数据可视化
最新推荐文章于 2022-07-18 07:00:13 发布
本文介绍了如何使用MATLAB生物信息学工具箱来创建和展示进化树。通过`phytreeread`函数读取进化树文件,然后使用`plot`绘制静态树形结构。进一步,通过`getmatrix`获取连接矩阵,并利用`biograph`创建动态框架。此外,还涉及了颜色配置和布局调整,以增强视觉效果。博客作者提供了几个不同的进化树实例,并强调了生物信息学分析中分支节点颜色的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成