薛定谔 | 先导化合物优化与相互作用可视化

当获得针对某个靶点的先导分子后，想要在此基础上进行化学结构修饰。为了提升化学改造的成功率可以采用本教程方法进行结构虚拟改造/优化。

• 示例蛋白：PDB ID:3WDS

每用薛定谔处理一个新任务，第一步必须创建新的project以方便日后管理。
接着在File选项卡中修改工作路径（可以方便地找到输出文件）

• 1、去除多余的链(只保留B链和它的小分子）
• 2、prepare protein模块
  • 勾选两个“fill”开头的选项（可选） >> preprocess
  • 选择Review and modify tab栏，对结构中不需要分析的或影响对接的原子删除
  • 选择Refine tab栏 >> 点击optimize和minimize对结构优化。(ps: 该模块最下方可以看到绘制拉式图选项)

• 3、preset预设中ligand site展开项后有多种呈现小分子结合面的预设方案，一般选择cartoon

• 4、先导化合物优化（这种情况只有在小分子对接到受体活性口袋中可以用）
  • 选择lead optimization模块,在弹出的面板中选择Receptor tab栏，勾选在工作视图中产生格点，记得要勾选pick ligand,然后在视图中选中小分子（即对接格点的位置）。
  • 提前将对接好的配体分子导入到软件中,并include到显示页面（就是将左边配体条目圆点勾选），选择Ligand tab栏，点击from workspace,就会出现配体分子的二维结构，点击score进行打分，这一过程耗时可能十分久，耐心等待。一段时间后工作文件夹中生成产生的docking-job_x的文件。在Result tab栏中可以看到详细的打分结果。
  • 返回ligand tab栏，对小分子二维结构修饰，重复以上操作就可以在Result tab栏中看到结构修饰后的打分情况了。