芯片数据分析----芯片数据可视化

基因芯片技术,也称为核酸阵列芯片技术,产生于20世纪90年代,在近十几年得到了规模化和产业化。已经成为转录组重要的支撑技术。基因芯片技术可以测量某一条件下成千上万个基因转录表达情况。因此将产生较大的数据量和数据分析需求。芯片数据分析的基本流程:对芯片的高密度杂交点阵列进行图像处理。从中提取杂交点的荧光强度进行定量分析。通过有效的基因搜索和相关基因表达谱的聚类,提取表达显著差异的基因和共表达基因;
pd=gprread(‘mouse_h3pd.gpr’)
figure
maimage(pd,‘F635 Median’,‘title’,{‘Parkinson’‘s Model’,‘Foregroud Median Pixels (Red Channe了)’})
figure
maimage(pd,‘F532 meDiAN’,‘title’,{‘Parkinson’‘s Model’,‘Foreground Median Pixels(Green Channel)’})
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pd =

包含以下字段的 struct:

     Header: [1×1 struct]
       Data: [9504×38 double]
     Blocks: [9504×1 double]
    Columns: [9504×1 double]
       Rows: [9504×1 double]
      Names: {9504×1 cell}
        IDs: {9504×1 cell}
ColumnNames: {38×1 cell}
    Indices: [132×72 double]
      Shape: [1×1 struct]

在这里插入图片描述
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生物信息学分析与实践------MATLAB生物信息学工具箱应用----刘伟、孙志强、杨森编著-----【M】北京:中国工信出版社与电子工业出版社

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