怎么让热图显示基因名_Bioconductor基因芯片数据分析之可视化

前两期期我们一起学习了基因芯片数据分析中的GO分析和KEGG分析，这一期我们来学习基因芯片数据分析中的可视化。

可视化可以直观显示统计结果，帮助我们进一步理解实验结果，同时找到下一步工作的思路，因此可视化和统计分析密不可分。

Bioconductor 的所有统计分析包几乎都提供了相应的函数来显示数据分析结果。

这里根据前面两期的分析结果，调用pheatmap包来绘制差异表达谱热图；调用Rgraphviz包来绘制显著富集的GO term的关系图；最后绘制显著富集的KEGG通路的关系图和热图。

接着上一期的代码，我们进行今天的分析。

Bioconductor基因芯片数据分析之KEGG分析

#安装并加载所需R包。

BiocManager::install("pheatmap")library(pheatmap)

#从基因表达矩阵中，选取差异表达基因对应的数据

selected 

#将selected矩阵每行的名称由探针组ID转换为对应的基因symbol

rownames(selected) < dif$symbols

#考虑到显示比例，我们只画前20个基因的热图

pheatmap(selected[1:20,],color = colorRampPalette(c("green