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聚类分析
聚类分析方法:系统聚类法、快速聚类法
聚类分析的类型:Q型聚类(对样品的聚类)、R型聚类(对变量的聚类)
距离矩阵计算函数dist的用法
dist(X,method=“euclidean”,diag=FALSE,upper=FALSE,p=2)
X数据矩阵,数据框架
method包括"euclidean",“maximum”,“manhattan”,“canberra”,“binary”,“minkowski”,默认为“enclidean”距离
diag是否包含对角线元素,默认为无对角线元素
upper是否需要上三角,默认为下三角矩阵
p Minkowski距离的幂次,默认为p=2(欧式距离)
相关系数矩阵
cor(X)
dist用法:
曼哈顿距离(Manhattan Distance)是种使用在几何度量空间的几何学用语,用以标明两个点在标准坐标系上的绝对轴距总和,想象你在曼哈顿要从一个十字路口开车到另外一个十字路口,驾驶距离是两点间的直线距离吗