Linux上部署和使用Blast序列比对工具

部署

第一步:Index of /blast/executables/blast+/LATESThttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

去这个网址,下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz,也就是Linux版本

第二步:

在linux上创建好文件夹,比如我在/home下创建soft文件夹,用于安装Blast软件.

第三步:把下载好的压缩包,放到文件夹下,进行解压,命令如:tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

第四步:

进入程序的文件夹里面的bin目录。输入pwd ，查看当前路径,复制路径

第五步:

添加环境变量,使用vim ~/.bashrc命令,编辑文件,在最后一行添加

export PATH=刚刚复制的路径:$PATH

然后保存退出

第六步:

使用 source ~/.bashrc 命令让其生效

第七步:

使用 blastn -version 这个命令出现版本号,就安装好了

使用

在使用之前需要准备一个fasta库，也就是所有的序列信息

还有要比对的源数据,也是一个fasta文件

可以将他们存放在另一个文件夹下

第一步:建库

命令如下

makeblastdb -in SRR7.fasta -dbtype nucl

其中SRR7.fasta是数据库文件,这属于简单建库,后面还有其他参数,如下

--------------------------------------------

makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型 -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

-dbtype 后接序列类型，nucl为核苷酸，prot为蛋白

-parse_seqids 推荐加上

-out 后接数据库名 (暂时没发现这个有什么用)

-logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

第二步:进行序列比对

命令举例:

blastn -query /home/data/blast/query.fasta -db /home/data/blast/SRR7.fasta -out /home/result/result.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6

这样就会在当前路径下生成a.txt的结果文件

参数解释:

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_alignments 显示比对数Default = 250

-num_descriptions：单行描述的最大数目 default=50

-num_threads：线程