Blast比对出现错误BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database

于 2023-03-14 14:18:39 发布
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在进行序列比对时总是报错

BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/home/blast/nuclblastdb/GRCh38_latest_genomic.fna] in search path [/home/blast:/home/blast/protblastdb:]

找不到索引文件啥的,查了很久也没解决,最后的方法是通过写数据库别名解决的.

你可以按照下面的方法尝试

1. 先看查询参数对不对,如下表,Blastn就是用于核酸,Blastp用于蛋白质等等,如果命令不对也会出现错误

 2. 查看比对文件,库文件的各种路径对不对

 3. 重点

在建库的时候有没有给上-out参数?

-out是用来给数据库起别名的,可以把之前的库删掉,重新执行命令建库,如下命令

makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型 -parse_seqids -out 库别名

注意序列类型也要选择正确,nucl为核苷酸，prot为蛋白

然后再进行比对时把之前的xxx.fasta换成这个别名,如下

以前的: blastn -query /home/blast/query/query.fasta -db /home/blast/blastdb/SRR7.fasta -out /home/blast/result/result.txt
替换后: blastn -query /home/blast/query/query.fasta -db /home/blast/blastdb/数据库别名 -out /home/blast/result/result.txt

ChowLin.c
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根据您提供的信息，这个错误提示是因为您要查询的数据库（parv）在 BLAST 的搜索路径中没有找到相应的别名或索引文件。您需要确保数据库已经正确安装，并且已经构建了相应的别名和索引文件。 您可以尝试以下步骤来解决这个问题： 1. 确认您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中。您可以使用以下命令来检查您的搜索路径： ``` echo $BLASTDB ``` 2. 如果您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中，但是仍然出现错误，请尝试重新构建alias和索引文件。您可以使用以下命令来构建： ``` makeblastdb -in parv.fasta -dbtype prot -out parv ``` 其中，parv.fasta是您的数据库文件，-dbtype指定数据库类型，-out指定输出文件名。 3. 如果您已经重新构建了alias和索引文件，但是仍然出现错误，请尝试检查您的文件路径是否正确，或者尝试重新下载数据库文件并重复步骤2。 希望这些步骤可以帮助您解决问题。

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