毕业论文知识点记录(四)——MaxEnt模型
0 序言
经过了几次文章分享,数据已经准备得差不多了,师姐说可以先利用现有数据跑一个结果,然后再逐步增加想要的环境数据,改善结果。
另外,谨记师姐的一句话,环境因素不是随随便便就加上去的,要有自己实实在在的依据!!!
1 软件准备
本次使用maxent模型的软件,可以在官网上直接下载,需要Java的环境,网上有很多安装教程可以参考。
界面大概长这个样子:
2 数据准备
1、首先就是环境数据
经过(三)里面SPSS去相关后,将环境变量导入arcgis转换成asc格式。
SDMtool box里面的如图操作:
2、然后就是对发生记录进行处理
将发生记录转换成csv格式。(注意:若坐标为度分秒格式需要转换为十进制。可直接在Excel中用公式转,公式:=LEFT(A2,FIND(“°”,A2)-1)+MID(A2,FIND(“°”,A2)+1,FIND(“′”,A2)-FIND(“°”,A2)-1)/60+MID(A2,FIND(“′”,A2)+1,FIND(“″”,A2)-FIND(“′”,A2)-1)/3600)
3 运行模型
1、导入数据
左栏为发生数据
右栏为环境数据
左下部分为特征类型选择,是左右预测好坏的关键因素之一,很多论文中也是通过调试它的组合变化来寻找最佳预测结果。
右下部分:一般,刀切法( jackknife)、绘制响应曲线 ( response curves)和制作预测图(make picture of predictions)功能都勾选上。
预测分布选择的输出格式是logistic,其中的值是概率(介于0和1之间),可以解释为相对适用性。
最后选择输出文件夹就🆗
下一步点击setting进行参数设置。
我的设置如下:
【basic】
一般要勾选random seed
Random test percentage设置为30,意思是训练集为70%,测试集为 30%。
regularization multiplier 正则化参数是另一个左右预测好坏的参数,论文中一般在[0,5]区间内调试。
Replicates 重复 10 次运算,选择 ROC 值最大的一次运算结果进行预测。
【advanced】
这个界面的数据基本保持默认。
有时根据需要会勾选write plot data
点击run之后
漫长的等待等待等待。。。。。。
就有了这个文件夹,其中不带数字的为十次重复运行的平均。
因为重复运行十次,所以需要运行很长时间,文件夹也比较大,很占地方。
4 结果分析
依据 MaxEnt 模型模拟结果,将ASCII 数据导入ArcGIS 软件中,通 过 Conversion 工具转换为栅格数据,再利用Reclassify 工具,对物种的适生区等级进行划分。
将ASCII 格式文件转换为栅格数据
运行结果如下:
利用Reclassify 工具,对物种的适生区等级进行划分。
分类选择自然断点法;
分为四类:非适生区(P<0.08)、低度适生区(0.08≤P<0.25)、中度适生区(0.25≤P<0.47)、高度适生区(P≥0.47)。
最后结果如图所示:
就从结果图来看,不是很理想,看来还需要继续改变环境变量。