基于层次的聚类（AGNES算法、DIANA算法、BIRCH算法和CURE算法）及简单案例

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分类专栏：聚类算法文章标签：聚类算法

于 2023-01-10 16:12:37 首次发布

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基于层次的聚类（AGNES算法、DIANA算法、BIRCH算法和CURE算法）及简单案例

层次聚类方法

层次聚类方法对给定的数据集进行层次的分解，直到满足某种条件为止，传统的层次聚类算法主要分为两大类算法：

凝聚的层次聚类：AGNES算法(AGglomerative NESting)==>采用自底向上的策略。最初将每个对象作为一个簇，然后这些簇根据某些准则被一步一步合并，两个簇间的距离可以由这两个不同簇中距离最近的数据点的相似度来确定；聚类的合并过程反复进行直到所有的对象满足簇数目。
分裂的层次聚类（不常用）：DIANA算法(DIvisive ANALysis)==>采用自顶向下的策略。首先将所有对象置于一个簇中，然后按照某种既定的规则逐渐细分为越来越小的簇(比如最大的欧式距离)，直到达到某个终结条件(簇数目或者簇距离达到阈值)。

AGNES和DIANA算法优缺点

优点：
- 简单，理解容易
缺点：
- 合并点/分裂点选择不太容易
- 合并/分类的操作不能进行撤销
- 大数据集不太适合
- 执行效率较低O(t*n2)，t为迭代次数，n为样本点数

AGNES算法中簇间距离

最小距离(SL聚类)
- 两个聚簇中最近的两个样本之间的距离(single/word-linkage聚类法)
- 最终得到模型容易形成链式结构
最大距离(CL聚类)
- 两个聚簇中最远的两个样本的距离(complete-linkage聚类法)
- 如果存在异常值，那么构建可能不太稳定
平均距离(AL聚类)
- 两个聚簇中样本间两两距离的平均值(average-linkage聚类法)
- 两个聚簇中样本间两两距离的中值(median-linkage聚类法)

代码案例1：层次聚类(AGNES)算法采用不同距离计算策略导致的数据合并不同形式

# 导包
import numpy as np
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
from sklearn.neighbors import kneighbors_graph ## KNN的K近邻计算
import sklearn.datasets as ds
import warnings

## 设置属性防止中文乱码及拦截异常信息
mpl.rcParams['font.sans-serif'] = [u'SimHei']
mpl.rcParams['axes.unicode_minus'] = False
warnings.filterwarnings(action='ignore', category=UserWarning)

## 模拟数据产生: 产生600条数据
np.random.seed(0)
n_clusters = 4
N = 1000
data1, y1 = ds.make_blobs(n_samples=N, n_features=2, centers=((-1, 1), (1, 1), (1, -1), (-1, -1)), random_state=0)

n_noise = int(0.1*N) 
r = np.random.rand(n_noise, 2)
min1, min2 = np.min(data1, axis=0) # 取data1每一列的最小值赋给min1，min2（加入axis参数，当axis=0时会分别取每一列的最大值或最小值，axis=1时，会分别取每一行的最大值或最小值，且将所有取到的数据放在一个一维数组中。）
max1, max2 = np.max(data1, axis=0) # 取data1每一列的最大值赋给max1，max2
r[:, 0] = r[:, 0] * (max1-min1) + min1 # 产生噪点
r[:, 1] = r[:, 1] * (max2-min2) + min2 # 产生噪点

data1_noise = np.concatenate((data1, r), axis=0) # 合并正常数据和噪点数据
y1_noise = np.concatenate((y1, [4]*n_noise))
#拟合月牙形数据
data2, y2 = ds.make_moons(n_samples=N, noise=.05)
data2 = np.array(data2)
n_noise = int(0.1 * N)
r = np.random.rand(n_noise, 2)
min1, min2 = np.min(data2, axis=0)
max1, max2 = np.max(data2, axis=0)
r[:, 0] = r[:, 0] * (max1 - min1) + min1
r[:, 1] = r[:, 1] * (max2 - min2) + min2
data2_noise = np.concatenate((data2, r), axis=0)
y2_noise = np.concatenate((y2, [3] * n_noise))

# 定义画图刻度
def expandBorder(a, b):
    d = (b - a) * 0.1
    return a-d, b+d

## 画图
# 给定画图的颜色
cm = mpl.colors.ListedColormap(['#FF0000', '#00FF00',  '#0000FF', '#d8e507', '#F0F0F0'])
plt.figure(figsize=(14, 12), facecolor='w')
linkages = ("ward", "complete", "average")#把几种距离方法，放到list里，后面直接循环取值
for index, (n_clusters, data, y) in enumerate(((4, data1, y1), (4, data1_noise, y1_noise),
                                               (2, data2, y2), (2, data2_noise, y2_noise))):
    # 前面的两个4表示几行几列，第三个参数表示第几个子图(从1开始，从左往右数)
    plt.subplot(4, 4, 4*index+1)
    plt.scatter(data[:, 0], data[:, 1], c=y, cmap=cm)
    plt.title(u'原始数据', fontsize=17)
    plt.grid(b=True, ls=':')
    min1, min2 = np.min(data, axis=0)
    max1, max2 = np.max(data, axis=0)
    plt.xlim(expandBorder(min1, max1))
    plt.ylim(expandBorder(min2, max2))

    # 计算类别与类别的距离(只计算最接近的七个样本的距离) -- 希望在agens算法中，在计算过程中不需要重复性的计算点与点之间的距离
    connectivity = kneighbors_graph(data, n_neighbors=7, mode='distance', metric='minkowski', p=2, include_self=True)
#     print(connectivity)
    connectivity = (connectivity + connectivity.T)
#     print(connectivity)
    for i, linkage in enumerate(linkages):
        ##进行建模，并传值
        print(n_clusters)
        ac = AgglomerativeClustering(n_clusters=n_clusters, affinity='euclidean',
                                     connectivity=connectivity, linkage=linkage)
        ac.fit(data)
        y = ac.labels_
        
        plt.subplot(4, 4, i+2+4*index)
        plt.scatter(data[:, 0], data[:, 1], c=y, cmap=cm)
        plt.title(linkage, fontsize=17)
        plt.grid(b=True, ls=':')
        plt.xlim(expandBorder(min1, max1))
        plt.ylim(expandBorder(min2, max2))

plt.suptitle(u'AGNES层次聚类的不同合并策略', fontsize=30)
plt.tight_layout(0.5, rect=(0, 0, 1, 0.95))
plt.show()

结果：
在这里插入图片描述

层次聚类优化算法

BIRCH算法(平衡迭代削减聚类法)：聚类特征使用3元组进行一个簇的相关信息，通过构建满足分枝因子和簇直径限制的聚类特征树来求聚类，聚类特征树其实是一个具有两个参数分枝因子和类直径的高度平衡树；分枝因子规定了树的每个节点的子女的最多个数，而类直径体现了对这一类点的距离范围；非叶子节点为它子女的最大特征值；聚类特征树的构建可以是动态过程的，可以随时根据数据对模型进行更新操作。

优缺点：
- 适合大规模数据集，线性效率；
- 只适合分布呈凸形或者球形的数据集、需要给定聚类个数和簇之间的相关参数；

CURE算法(使用代表点的聚类法)：该算法先把每个数据点看成一类，然后合并距离最近的类直至类个数为所要求的个数为止。但是和AGNES算法的区别是：取消了使用所有点或用中心点+距离来表示一个类，而是从每个类中抽取固定数量、分布较好的点作为此类的代表点，并将这些代表点乘以一个适当的收缩因子，使它们更加靠近类中心点。代表点的收缩特性可以调整模型可以匹配那些非球形的场景，而且收缩因子的使用可以减少噪音对聚类的影响

优缺点：
- 能够处理非球形分布的应用场景
- 采用随机抽样和分区的方式可以提高算法的执行效率

代码案例2：层次聚类(BIRCH)算法参数比较

# 导包
from itertools import cycle
from time import time
import numpy as np
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.colors as colors

from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.cluster import Birch
from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs

## 设置属性防止中文乱码
mpl.rcParams['font.sans-serif'] = [u'SimHei']
mpl.rcParams['axes.unicode_minus'] = False

## 产生模拟数据
xx = np.linspace(-22, 22, 10)
yy = np.linspace(-22, 22, 10)
xx, yy = np.meshgrid(xx, yy)
n_centres = np.hstack((np.ravel(xx)[:, np.newaxis],
                       np.ravel(yy)[:, np.newaxis]))
#产生10万条特征属性是2，类别是100,符合高斯分布的数据集
X, y = make_blobs(n_samples=100000,n_features=2, centers=n_centres, random_state=28)

#创建不同的参数（簇直径）Birch层次聚类
birch_models = [
    Birch(threshold=1.7, n_clusters=None),
    Birch(threshold=0.5, n_clusters=None),
    Birch(threshold=1.7, n_clusters=100)
]
#threshold：簇直径的阈值，    branching_factor：大叶子个数

#我们也可以加参数来试一下效果，比如加入分支因子branching_factor，给定不同的参数值，看聚类的结果 


## 画图
final_step = [u'直径=1.7;n_lusters=None',u'直径=0.5;n_clusters=None',u'直径=1.7;n_lusters=100']

plt.figure(figsize=(12,8),facecolor='w')
plt.subplots_adjust(left = 0.02, right = 0.98, bottom = 0.1,top = 0.9 # 调整子区的展现效果
colors_ = cycle(colors.cnames.keys()) #无限迭代器,生成不同种颜色
cm = mpl.colors.ListedColormap(colors.cnames.keys())

for ind, (birch_model, info) in enumerate(zip(birch_models, final_step)):
    t = time()
    birch_model.fit(X)
    time_ = time() - t
#获取模型结果（label和中心点）    
    labels = birch_model.labels_
    centroids = birch_model.subcluster_centers_
    n_clusters = len(np.unique(centroids))
    print ("Birch算法，参数信息为：%s；模型构建消耗时间为:%.3f秒；聚类中心数目:%d" % (info, time_, len(np.unique(labels))))
    
    ## 画图
    subinx = 221 + ind
    plt.subplot(subinx)
    for this_centroid, k, col in zip(centroids, range(n_clusters), colors_):
        mask = labels == k
        plt.plot(X[mask, 0], X[mask, 1], 'w', markerfacecolor=col, marker='.')
        if birch_model.n_clusters is None:
            plt.plot(this_centroid[0], this_centroid[1], '*', markerfacecolor=col, markeredgecolor='k', markersize=2)
    plt.ylim([-25, 25])
    plt.xlim([-25, 25])
    plt.title(u'Birch算法%s，耗时%.3fs' % (info, time_))
    plt.grid(False)

## 原始数据集显示
plt.subplot(224)
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=y, s=1, cmap=cm, edgecolors='none')
plt.ylim([-25, 25])
plt.xlim([-25, 25])
plt.title(u'原始数据')
plt.grid(False)
    
plt.show()