在Windows上安装NONMEM+PsN+Pirana

最新推荐文章于 2024-09-15 15:50:41 发布

seekzzh

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分类专栏：软件安装教程软件分享文章标签：药代动力学人工智能机器学习深度学习统计

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Windows环境配置 [^1]
NONMEM安装
- NONMEM安装源文件
- 安装NONMEM
NONMEM辅助软件安装
- PsN(Perl speaks NONMEM)安装
- Pirana安装

Windows环境配置 ¹

安装Fortran编译器

编译，是指从源代码（通常为高级语言）到能直接被计算机或虚拟机执行的目标代码（通常为低级语言或机器语言）的翻译过程。顾名思义，Fortran编译器是用来编译Fortran语言的程序。（注：Fortran是Formula Translation的缩写，即数学公式翻译器，是出现很早的一门语言，主要面向数值计算。）目前有许多不同版本的Fortran编译器，Windows平台上最常用的是基于微软Visual Studio并集成了一整套IDE的商业Fortran编译器，如CVF(Compad Visual Fortran)与IVF(Intel Visual Fortran)等，此外还有一些非商业的、基于命令行的编译器，如gfortran/g95等。

这里推荐使用GCC (the GNU Compiler Collection)，它是由GNU计划推出的编译器套件，其中编译Fortran的子程序叫GFortran。NONMEM 7.4的安装包里也附带GCC安装程序，版本为4.6.0，建议初学者直接使用。注意：与最新版Strawberry Perl（从5.26.2.1版本开始）绑定安装的gfortran不能用于Windows 10 上运行NONMEM，在测试安装 NONMEM时会发生未知原因的崩溃 ²。

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NONMEM 7.4.3自带的GCC默认路径为nm743CD/compilers，安装过程非常简单，双击gfortran-windows-460.exe随后按提示操作即可。

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安装结束后，可以检查一下GCC是否安装成功。首先可以查看系统环境变量的Path项，如果安装成功则会将gfortran可执行文件的路径自动加入Path中，如：C:\Program Files (x86)\gfortran\bin。从Windows的搜索框中找到启动命令提示行cmd或Windows Powershell，输入命令：gfortran --version或gfortran -v，如果安装正确会出现类似下面的返回信息。第一行GNU Fortran后面数字即为版本号，NONMEM直到7.4.4版本自带的GCC版本均为4.6.0。

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注意：由于NONMEM在安装过程中需要使用gfortran编译源文件，之后尽量不要再更换GCC版本，GCC可能会不兼容不同版本GCC编译的程序。

配置Perl环境

安装Perl解释器

Perl常见的有ActivePerl和Strawberry Perl两大发行版，两个版本主要的使用区别是模块管理不同。其中ActivePerl（5.24版本之前）在Windows系统下使用ppm工具来管理Perl模块，但ppm的资源库在中国没有镜像，网络质量差的情况下容易出错；Strawberry Perl保持了Linux下的风格，采用cpan管理Perl模块，cpan在全球有丰富的镜像，在中国大陆也有10多个镜像，使用体验会好很多，但缺点是某些模块管理不够高效，忽略网络质量的情况下不如ppm快。PsN网站上推荐初学者使用Strawberry Perl，但是5.26.2.1版本以后自带的gfortran与NONMEM不兼容，因此接下来内容还是以ActivePerl为例。

ActivePerl也有许多版本，PsN官方要求Perl版本不低于5.10.1，但是因为5.26及以后版本不再绑定安装ppm (Perl Package Manager)，因此为了便于后续的包安装，这里从ActivePerl官网下载5.24.2版本的ActivePerl进行安装。安装好Perl之后，也可以测试一下安装是否成功，打开cmd，输入命令：perl --version与ppm --version，如果安装成功则会返回如下信息：

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安装Perl模块

安装好ActivePerl之后，还需要再额外安装一些Perl的模块，PsN的某些功能需要调用这些模块。以管理员身份运行cmd，依次输入以下命令：

ppm install Math-Random
ppm install MooseX-Params-Validate
ppm install Statistics-Distributions
ppm install XML-LibXML

安装成功或失败后均有相应返回信息提示。

NONMEM安装

NONMEM安装源文件

NONMEM在安装过程中需要调用gfortran编译源文件，因此在开始安装之前，必须确认gfortran已经正确安装。首先认识一下NONMEM安装文件夹里的一些内容：根目录下有许多文件名以install开头的文件，这些是对应不同操作系统安装NONMEM时需要直接运行的程序。对Windows而言，需要运行的是SETUP74.bat，这其实是一个批处理文件。nonmem.lic是NONMEM的授权文件，即使用许可证，建议在安装NONMEM前先将授权文件拷贝至安装文件根目录下。readme_743.pdf是官方的说明文档。剩下的文件或文件夹中，除了前面已经说过的compiler文件夹外，其余的可以暂时先不管。

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安装NONMEM

进入NONMEM安装文件的根目录，右击SETUP74.bat对其中的批处理脚本进行修改，其中：defcdd表示来源路径，即NONMEM安装文件根目录的地址，根据实际情况决定； defh表示目标路径，即安装NONMEM的位置，同样根据实际情况而决定；deff表示编译器。这里假设NONMEM安装源文件根目录路径为c:\nm743CD，目标文件夹为c:\nm743，编译器为gfortran，则SETUP74.bat做以下修改：

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修改完bat文件之后，右击SETUP74.bat文件管理员身份运行，如果运行成功则会如下图所显示，最后一行的提示Continue (y/n)? [y]，直接回车即可。之后的过程就比较简单了，大多时间是在等待以及根据提示的默认选项按回车。

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在进行到Step 9时，在目标路径的根目录下可以找到progress.txt文件，打开这个文件可以看到完成进度。这一步是在编译源文件，比较费时，这一步骤可以反映计算机CPU的性能。

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安装脚本的最后一步则是测试，会提示Do you want to test the installation?，建议输入y测试安装是否成功。最后，还需要将有效的授权文件nonmem.lic粘贴至license文件夹覆盖原许可证，否则在后续计算过程中会提示NONMEM许可证过期而无法启动运算。至此，NONMEM安装就全部结束了。

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NONMEM辅助软件安装

PsN(Perl speaks NONMEM)安装

在成功配置Perl环境后，就可以安装PsN了。从PsN官网下载压缩包，解压后打开PsN的根目录（默认名为PsN-Source），启动文件为setup.pl，右键选择以管理员身份运行即开始安装。通常情况下此时是可以直接运行该文件的，但有时也会出现系统不识别该类型文件的情况，若之前已经测试过Perl成功安装的话，此时可以尝试命令行安装方式：以管理员身份打开cmd，进入PsN安装文件根目录cd x:\..\PsN-Source，输入命令：perl setup.pl。

在安装过程中，根据提示输入y或n，然后回车，多数情况下输入y。若之前在计算机上安装过PsN，可能会提示询问是否保留原有的psn.conf文件，建议输入n，让程序新建一个psn.conf，这个文件里记录了一些配置信息，包括NONMEM版本、路径以及计算模型时的选项。安装程序会自动搜索NONMEM所在的路径，并自动设置好psn.conf，但之前也发现如果NONMEM装在比较深的目录下，PsN安装程序可能搜索不到，需要手动输入NONMEM的安装路径。这样PsN就安装好了。

Pirana安装

Pirana的安装较为简单，从Pirana官网下载安装程序pirana_2.9.9_windows.exe，运行然后按提示操作即可。通常情况下在安装过后无需配置就可以直接使用了，但是还是需要进一步确认下。首先是将Pirana与NONMEM关联，选择File\Settings\NONMEM，如下图所示一般都是自动关联好。点击Local NONMEM installations栏目右上角的搜索按钮，即可让Pirana自动搜索或手动指定NONMEM的安装路径。

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