SURPI-NGS病原菌鉴定的计算管道（详细步骤）

最新推荐文章于 2024-06-12 10:23:54 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_50542529/article/details/135014375

版权

Supri：SURPI (Sequence-Based Ultra-Rapid病原菌鉴定)是一个基于复杂元基因组下一代测序(NGS)数据进行病原菌鉴定的计算管道。用于病原体检测的临床样本宏基因组测序在公共卫生监测、疫情调查和传染病诊断方面有许多应用。然而，该技术的实际部署一直受到生物信息学的挑战，准确分析结果，并在临床相关的时间框架。SURPI的开发就是为了应对这些挑战。

参考网址：https://chiulab.ucsf.edu/surpi/

1.先下各种依赖工具：
fastQValidator：
下载并解压：
[lijing@master supri]$ wget https://genome.sph.umich.edu/w/images/3/39/FastQValidator.0.1.1.tgz

[lijing@master supri]$ tar zxvf /home/lijing/lijing202110/supri/FastQValidator.0.1.1.tgz -C /home/lijing/lijing202110/supri/fastQvalidator
在这里插入图片描述
[lijing@master supri]$ wget https://genome.sph.umich.edu/w/images/2/20/FastQValidatorLibStatGen.0.1.1a.tgz

[lijing@master supri]$ tar xvf FastQValidatorLibStatGen.0.1.1a.tgz

[lijing@master supri]$ cd fastQValidator_0.1.1a
[lijing@master fastQValidator_0.1.1a]$ make all
安装出问题报错了：
在这里插入图片描述
下载了fastQValidator、Minimo v1.6、Abyss v1.3.5，gt，fastq.cpp、Seqtk

没下载成功：RAPSearch v2.12、snap，fqextract（打不开github）、

安装成功：
1.seqtk
[lijing@master supri]$ git clone git://github.com/lh3/seqtk
[lijing@master supri]$ cd seqtk
[lijing@master seqtk]$ make
[lijing@master seqtk]$ seqtk
[lijing@master seqtk]$ seqtk seq -a /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test.fq >trans-nytest.fa
在这里插入图片描述

https://blog.csdn.net/weixin_33976072/article/details/86277780

2.安装cutadapt 先装python3
参考网址：https://www.jianshu.com/p/0878bbc76449

[lijing@master Python-3.9.0]$ wget https://www.python.org/ftp/python/3.9.0/Python-3.9.0.tgz
[lijing@master Python-3.9.0]$ tar -zxvf Python-3.9.0.tgz
编译成可执行文件：
[lijing@master Python-3.9.0]$ cd /home/lijing/python/Python-3.9.0
[lijing@master Python-3.9.0]$ ./configure --prefix=/home/lijing/python/Python-3.9.0
[lijing@master Python-3.9.0]$ make
[lijing@master Python-3.9.0]$ make install
配置环境变量
[lijing@master Python-3.9.0]$ vim ~/.bashrc

在这里插入图片描述
export PATH=“/home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2:/usr/bin/: $P A T H " e x p or tP A T H = "/ h o m e / l ijin g / p y t h o n / P y t h o n - 3.9.0/ bin :$ PATH”

[lijing@master Python-3.9.0]$ source ~/.bashrc

对上面的配置环境：
写入~/.bashrc 文件

进入~/.bashrc 文件：vim ~/.bashrc
按下i键，然后按Enter键：加入路径
按ESC键退出，再按:wq! 保存即可
命令：source ~/.bashrc 更新 .bashrc
另一个保存文件并退出Vim的命令是:x

测试：Python
[lijing@master ~]$ python3
在这里插入图片描述
[lijing@master ~]$ python3 -m pip list

这里版本不适应报错需要，需要卸载上面装的python3.9.0，版本需要在3.7以下

这里python3.9.0还未卸载，需要做
/home/lijing/lijing202110/supri/cutadapt