论文从零开始
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杰克船长有烦恼
这个作者很懒,什么都没留下…
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PPI数据集分析
蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,包含位置基因集,基序基因集和免疫特征作为特征(共50个)和基因本体集作为标签(共121个)。graphsnodesedgesfeaturestasks20~2,245~61,31850121# 加载数据集 dataset = PPI(root = 'E:/data/ppi') # 若是先前已经存在数据集,那么就把对应的数据集的文件放在以raw命名的文件夹中即可 print(f'数据集包含图的数量是: {原创 2022-10-27 17:49:58 · 3190 阅读 · 3 评论 -
模型选择和解析
随着数据集的选型完成后,接下来就是针对数据集的方向来挑选模型,由于我选择的是(PPI、QM9)这种类型的数据集。所以我挑选模型首选的还是异构图类的模型。通过文献[1]的启发,我初步设定在药物相互作用预测方向上进行设计模型,模型的基本结构设定为:编码器与解码器。原创 2022-10-24 17:23:09 · 1118 阅读 · 0 评论 -
数据集代入测试(二)
本节主要内容就是快速复习一下pyg里面的相关框架使用原创 2022-09-22 20:50:56 · 524 阅读 · 0 评论 -
数据集的选择(一)
来到实验室后,我就思考我想从图神经网络对脑部CT扫描来预测抑郁症患者这个方向入手来处理问题。但是当我看到论文中的数据集(ABIDE、FTD)这两个数据集都是图片的形式在网上出现的,而我需要的是时序的数字化后的数据集。对比了一下这个数据集的处理难度,我决定放弃,改成另外的一个方向(分子和细胞)。我选择这个方向的理由主要是两个方面:1.这个方向的数据集都是数据的形式呈现的。2.要是做这个方面的实验可以发两个方向的论文一个就是生物,一个是化学。当然还可以是生化类的。原创 2022-09-21 19:49:06 · 1247 阅读 · 0 评论