centos7 安装 gromacs开源软件

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已于 2022-11-03 15:00:20 修改

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文章标签：开源软件

于 2022-10-20 11:15:57 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_51021388/article/details/127423297

版权

一、官方下载地址

gromacs2021下载地址：https://zenodo.org/record/4457626#.Y194yve-uHs

gromacs官方安装指南： https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/install-guide/index.html

转载文章1

Cmake:CMake

安装步骤：cmake3.25安装

安装常见错误+gcc暂时升级命令：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/119932298?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=Target%20%22cmTC_3d53d%22%20requires%20t&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-0-119932298.142^v62^pc_search_tree,201^v3^control_1,213^v1^t3_esquery_v3&spm=1018.2226.3001.4187

gromacs2021.5安装：

https://blog.csdn.net/wufeil7/article/details/123475770?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522166737990916782425629812%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=166737990916782425629812&biz_id=&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-code-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-4-123475770-4-null-null.142^v62^pc_search_tree,201^v3^control_1,213^v1^t3_esquery_v3&utm_term=gromacs2021

gcc8安装

https://blog.csdn.net/wangzhouf/article/details/108218472?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522166728291116800182171702%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334..%2522%257D&request_id=166728291116800182171702&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduend~default-1-108218472-null-null.142^v62^pc_search_tree,201^v3^control_1,213^v1^t3_esquery_v3&utm_term=centos7%E5%AE%89%E8%A3%85gcc8&spm=1018.2226.3001.4187

centos+cuda11.7显卡驱动安装

https://blog.csdn.net/qq_45757266/article/details/126085739?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=bash:%20./cuda_11.7.1_515.65.01_&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-0-126085739.142^v62^pc_search_tree,201^v3^control_1,213^v1^t3_esquery_v3&spm=1018.2226.3001.4187

二、正常安装

tar -xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5
mkdir build 
cd build 
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

三、定制安装

当然如果你要定制化安装，那就要更加详细的了解gromacs了。

我们需要了解下面的东西：

支持的平台

不同编译器及版本

并行计算

GPU

MPI

cmake

Fast Fourier Transform library

FFTW

MKL

如果不想把gromacs安装到默认的目录，想要自定义安装目录，可以在cmake命令后面加-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs，加下划线的就是你想自定义安装的目录。

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs

如果发现cmake找不到一些库文件和头文件，可以使用下面的参数：

    CMAKE_INCLUDE_PATH for header files
    CMAKE_LIBRARY_PATH for libraries
    CMAKE_PREFIX_PATH for header, libraries and binaries (e.g. /usr/local).

如果想使用GPU加速，可以使用下面的参数：

cmake .. -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

这个需要我们提前安装好cuda。

如果不是Nvdia的显卡，是AMD或者Intel的显卡，我们就不能使用CUDA了，这时我们可以使用OpenCL来加速。可以使用下面的命令：

cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL 
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DGMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE=4
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DclFFT_ROOT_DIR=/path/to/your/clFFT -DGMX_EXTERNAL_CLFFT=TRUE

上面的几种命令行情况需要根据不同的情况去使用。

为了内容的完整性，在安装完gromacs之后，我们安装惯例来对gromacs的使用进行一点了解。

gromacs User guide官方地址：https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/user-guide/index.html

安装好gromacs之后，在命令行中键入