一、官方下载地址
gromacs2021下载地址:https://zenodo.org/record/4457626#.Y194yve-uHs
gromacs官方安装指南: https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/install-guide/index.html
Cmake:CMake
安装步骤:cmake3.25安装
gromacs2021.5安装:
gcc8安装
centos+cuda11.7显卡驱动安装
二、正常安装
tar -xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
三、定制安装
当然如果你要定制化安装,那就要更加详细的了解gromacs了。
我们需要了解下面的东西:
如果不想把gromacs安装到默认的目录,想要自定义安装目录,可以在cmake命令后面加-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs,加下划线的就是你想自定义安装的目录。
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs
如果发现cmake找不到一些库文件和头文件,可以使用下面的参数:
CMAKE_INCLUDE_PATH for header files
CMAKE_LIBRARY_PATH for libraries
CMAKE_PREFIX_PATH for header, libraries and binaries (e.g. /usr/local).
如果想使用GPU加速,可以使用下面的参数:
cmake .. -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
这个需要我们提前安装好cuda。
如果不是Nvdia的显卡,是AMD或者Intel的显卡,我们就不能使用CUDA了,这时我们可以使用OpenCL来加速。可以使用下面的命令:
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DGMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE=4
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DclFFT_ROOT_DIR=/path/to/your/clFFT -DGMX_EXTERNAL_CLFFT=TRUE
上面的几种命令行情况需要根据不同的情况去使用。
为了内容的完整性,在安装完gromacs之后,我们安装惯例来对gromacs的使用进行一点了解。
gromacs User guide官方地址:https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/user-guide/index.html
安装好gromacs之后,在命令行中键入
gmx -version