固体物理分子模拟实验（三）Gromacs的安装

固体物理分子模拟实验（二）Gromacs的安装

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前言

一、Gromacs是什么？

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包
GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包，产品具有计算功能更强大的优点。
Gromacs官网

二、前置安装

cmake python

sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install python 

三、安装Gromacs

1、下载解压安装包

直接去官网下载最新版本

图形界面直接解压

cd gromacs-2022.4
mkdir build
cd build
//创建构建文件夹用于后续安装
//在build文件中执行
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON 
//时间较长

//继续
make//这一步时间更长
//下面的图片可以看出在make的过程中会自动安装fftw3.3.8（我已经在前面手动安装过一遍了QAQ）

..继续
make check

..继续
sudo make install 
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 
//临时启动环境变量
//安装make里的

//设置永久环境变量
sudo gedit ~/.bashrc 
//在最后一行加上
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
//这是默认安装路径
sudo source ~/.bashrc
//启用  

至此安装结束

gmx--version
//测试安装版本