Linux 中安装Gromacs（2022 GPU-CUDA）

Linux 中安装Gromacs（2022 GPU-CUDA）

实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu 20.04.4 LTS版本)
安装Gromacs-2022 GPU-CUDA加速版

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前言

实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu 20.04.4 LTS版本)
安装Gromacs-2022 GPU-CUDA加速版
电脑配置
CPU：I7-9750H
GPU：GTX 1660 TI

一、基础软件安装

所需要用到的软件为有
gcc ， g++ ， python ， cmake ，Gromacs
检查方法 命令

软件名 -version
软件名  -V

以下安装均须要管理员权限，本人一直在root身份运行，若需要 以下命令前可加上sudo

1.gcc下载安装

apt-get install gcc

2.g++下载安装

在这里插入代码片

2.g++下载安装

apt-get install g++

3.python下载安装

Ubuntu系统自带python3.8.10,没有的可以安装一下

apt install python

4.cmake下载安装

apt-get install cmake

二、显卡驱动和CUDA安装

1.显卡驱动

Ubuntu20.04安装之后已经有显卡驱动，但版本较旧，需要更改。
在左下角显示应用程序中 选择 “软件与更新”

“附加驱动” 更改为合适的驱动版本，这里选择了510版本。

另可以 下载显卡驱动手动安装
参考:
https://blog.csdn.net/wf19930209/article/details/81877822

2.CUDA安装

首先查看驱动适用CUDA版本

nvidia-smi

去Nvidi官网下载cuda安装包：https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive

本人选择deb安装方式

依次输入命令即可

下载安装结束后，配置环境变量
输入命令打开文件

gedit ~/.bashrc

在文件最后输入以下语句

export PATH=/usr/local/cuda-11.6/binKaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: {PATH:+:{PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.6/lib64KaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: …LIBRARY_PATH:+:{LD_LIBRARY_PATH}}
（以上路径以各自安装的CUDA版本和安装路径 自行修改）保存

输入以下命令，更新环境变量配置

 source ~/.bashrc

至此CUDA安装完成，输入nvcc -V命令查看CUDA信息

nvcc -V

三、Gromacs-2022 GPU-CUDA安装

打开gromacs官网，下载最新版gromacs-2022
https://manual.gromacs.org/documentation/

将tar.gz文件解压

tar xfz gromacs-2022.tar.gz

进入解压后的文件夹

cd gromacs-2022
mkdir build
cd build

在build目录下用cmake进行安装

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda11.6 
#（以实际CUDA tookit安装路径及版本为准）
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

安装完成后输入

gmx -version

查看版本信息
若关闭后无法使用此命令 则可能是环境变量没有设置
设置环境变量

gedit ~/.bashrc

在文件最后输入以下语句
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
（以上路径为 各自安装的Gromacs路径 自行修改）保存

输入以下命令，更新环境变量配置

 source ~/.bashrc

重启终端后就可以输入

gmx -version

查看版本信息

安装Gromacs-gpu-CUDA完成

本人比较过CPU与 GPU加速的运算速度

以Justin1 中 1AKI.pdb为例
NVT NPT 预平衡
仅使用CPU(I7-9750H)运算 ：2.30h 2.20h
使用GPU加速（NVIDIA-RTX-1660 TI）运算 ：1min 1min