Gromacs 示例

最新推荐文章于 2024-09-27 23:20:41 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/hfgggg/article/details/129234099
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本文是一篇关于Gromacs的实战教程，从下载1aki.pdb文件开始，涵盖环境准备（包括去除水分子）、pdb文件与mdp文件存储、使用pdb2gmx生成拓扑文件、能量最小化等步骤，逐步指导用户进行分子动力学模拟。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.下载1aki.pdb文件

2环境准备

2.1去除结构中的水

grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb

2.2将新的pdb文件与mdp文件储存在test1

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hfgggg
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