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RSS订阅原创 inferCNV运行过程的问题记录及解决办法
前言在之前的文章里写了安装infercnv包的方法，后续运行该包的过程中，遇到了一些问题，现将问题及解决办法记录下来，以供大家参考，如有不足，烦请各位指正，谢谢！问题一：关于输入文件在运行infercnv之前，需要准备三个文件：1.单细胞表达矩阵文件；2.细胞类型注释文件；3.基因坐标文件。三个文件的样子1.表达矩阵文件行名为基因名，列名为细胞样本名，表达矩阵必须为数值型矩阵：示例的表达矩阵：raw_counts_matrix="C:/Users/heyin/Documents/R/win-l
2021-10-16 16:21:03
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原创 单细胞转录组聚类分析R包——SC3的应用
前言在做单细胞相关聚类分析的过程中，为了研究异质性，发现了一种专门用于单细胞转录组的聚类分析R包——SC3(single cell consensus clustering，单细胞一致性聚类)。该聚类算法发表于Nature Methods（2017），能够让单细胞RNA-seq基于转录组特征对细胞类型进行定量表征。这是一种用户友好的无监督聚类工具，它通过一致方法将多个聚类解决方案组合在一起，从而得到高精度和鲁棒性的分群结果。SC3包的官方具体使用教程见：http://www.bioconductor.or
2021-10-14 21:52:09
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原创 CNS级别文章标题画一个词云
作业4-1：https://mp.weixin.qq.com/s/GHaulIJt5ebvu_x3_x6ptQ相关代码仍然参考：Word-cloudTCGA-2018 文章2018的TCGA的泛癌项目论文全部发表在Cell及其子刊上，文本文件如下：词云代码：library("tm")library("SnowballC")library("wordcloud")library("RColorBrewer")##文本挖掘#加载文本#导入文本文件text<-readLines(
2021-10-09 20:26:41
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原创 根据文献标题绘制词云
作业3-2：https://mp.weixin.qq.com/s/MGRIJAcSsePtMdLD6hwDwQ根据文献标题画词云，看看文章的规律。绘制词云的代码参考：WordCloudstep 1：创建文本文件如图：step 2：安装并加载所需的包install.packages("tm")#文本挖掘install.packages("SnowballC")#文本词干提取install.packages("wordcloud")#词云生成install.packages("RColorBr
2021-10-09 17:25:21
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原创 inferCNV包安装问题及解决办法
InferCNV是一个由broad研究所开发的，利用单细胞转录组数据分析肿瘤细胞拷贝数变异（CNV）的工具。基本思路是在整个基因组范围内，通过计算肿瘤细胞关于参考的“正常”细胞的相对表达，利用滑窗思想对邻近的基因相对表达，计算拷贝数。先贴一个官方安装说明：官方infercnv安装说明安装infercnv包：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager:
2021-10-04 16:44:38
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原创 写一个函数把基因集写出成为gmt文件
作业3-1：https://mp.weixin.qq.com/s/KuT_idnNE3kib-R0ItIt1A代码借鉴Jimmy老师的，学习如何将一个基因集写出成为gmt文件。1. 关于gmt文件在做GSEA或GSVA分析的时候，通常需要读入gmt格式的文件，一般是在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库里下载的文件，如下:标准的gmt格式文件为：从图里可以看到，第一列是基因集的名称或者ID，第二列是相关注释(比如某个通路，也可自定义)，第3~n列是对
2021-10-04 10:45:58
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原创 人鼠基因同源转换
工具：R语言biomaRt包生物学背景：同源，最基本的意义就是具有共同祖先。当然这里不是说人和鼠有相同的祖先，我们这里的分子水平的同源性。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度，那我们就说二者同源，就是说可以相互转化的基因具有一定的序列相似性，那么二者的基因便可以成为同源基因。许多不同的物种间都具有同源性。现代分子生物学中的同源性描述的是基因与基因之间相似关系，它表明的是两个相比较的序列之间的匹配程度。一般来说，如果两条基因序列相似性达80% ，就可以把它们称为
2021-09-11 17:05:49
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空空如也
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