作业3-1:https://mp.weixin.qq.com/s/KuT_idnNE3kib-R0ItIt1A
代码借鉴Jimmy老师的,学习如何将一个基因集写出成为gmt文件。
1. 关于gmt文件
在做GSEA或GSVA分析的时候,通常需要读入gmt格式的文件,一般是在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库里下载的文件,如下:
标准的gmt格式文件为:
从图里可以看到,第一列是基因集的名称或者ID,第二列是相关注释(比如某个通路,也可自定义),第3~n列是对应基因集所包含的基因名。
2.制作gmt文件
代码如下:
##安装clusterProfiler包
install.packages("BiocManager")
BiocManager::ins