写一个函数把基因集写出成为gmt文件

作业3-1:https://mp.weixin.qq.com/s/KuT_idnNE3kib-R0ItIt1A
代码借鉴Jimmy老师的,学习如何将一个基因集写出成为gmt文件。

1. 关于gmt文件

在做GSEA或GSVA分析的时候,通常需要读入gmt格式的文件,一般是在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库里下载的文件,如下:
图片来源为:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247492213&idx=2&sn=226c41a9538b9b8f6da21d886275e612&scene=21#wechat_redirect
标准的gmt格式文件为:
图片来源同上
从图里可以看到,第一列是基因集的名称或者ID,第二列是相关注释(比如某个通路,也可自定义),第3~n列是对应基因集所包含的基因名。

2.制作gmt文件

代码如下:

##安装clusterProfiler包
install.packages("BiocManager")
BiocManager::ins
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