inferCNV运行过程的问题记录及解决办法

前言

在之前的文章里写了安装infercnv包的方法，后续运行该包的过程中，遇到了一些问题，现将问题及解决办法记录下来，以供大家参考，如有不足，烦请各位指正，谢谢！

问题一：关于输入文件

在运行infercnv之前，需要准备三个文件：1.单细胞表达矩阵文件；2.细胞类型注释文件；3.基因坐标文件。三个文件的样子

1.表达矩阵文件

行名为基因名，列名为细胞样本名，表达矩阵必须为数值型矩阵：
示例的表达矩阵：

查看一下示例文件的矩阵类型：

raw_counts_matrix="/Documents/R/win-library/4.0/infercnv/extdata/oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix.gz"
if (substr(raw_counts_matrix, nchar(raw_counts_matrix)-2, nchar(raw_counts_matrix)) == ".gz") {
   
            raw.data <- read.table(connection <- gzfile(raw_counts_matrix, 'rt'), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)
            close(connection)
            raw.data <- as.matrix(raw.data)}
str(raw.data)

如果表达矩阵不是数值型，会在后续运行报错：

因为矩阵只能有一种数据型，故在infercnv自行转换为矩阵时，把表达矩阵转换成了字符型矩阵，这里提出一种解决办法：

#创建没有行名列名的表达矩阵
dat=read.table("/mix_exp_M.csv",stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE