GNU系统下DL_POLY的编译

最新推荐文章于 2021-12-31 21:29:11 发布
最新推荐文章于 2021-12-31 21:29:11 发布
阅读量1.2k 收藏 1
点赞数
分类专栏： MD工具的安装
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/u014561770/article/details/23045863
版权
本文介绍了在GNU系统下如何编译DL_POLY软件，包括串行版本和并行版本的编译步骤。对于串行版本，需要从指定网址下载，解压后更改makefile中的编译器设置，同时修改comms_module.f90中的内容。并行版本编译则需要gfortran和openmpi环境，同样调整makefile，并在计算时指定CPU核数。如果遇到程序错误，可能需要检查资源使用情况。
摘要由CSDN通过智能技术生成

下载地址http://www.stfc.ac.uk/CSE/randd/ccg/software/DL_POLY/25526.aspx 

下载需要注册，按照邮件中的方法进行解压 

 

串行版本的编译 

1.将build文件夹下的makefile_SLR1重命名为makefile复制到source文件夹下

最低0.47元/天 解锁文章
Felix_SH！
关注
专栏目录
【编程基础の基础】“#define _GNU_SOURCE“或是在编译时“-D _GNU_SOURCE“代表了什么？有什么用
weixin_42157432的博客
07-27 1813
概念 详细的信息可查看Linux手册 man feature_test_macros 从GNU的文档中： Macro: _GNU_SOURCE If you define this macro, everything is included: ISO C89, ISO C99, POSIX.1, POSIX.2, BSD, SVID, X/Open, LFS, and GNU extensions. In the cases where POSIX.1 conflicts with BSD, the PO
DL_POLY
03-26
DL_POLY
超算平台安装DL_POLY分子动力学软件
m0_51706126的博客
12-31 1951
超算平台安装DL_POLY分子动力学软件 DL_POLY是一种通用的经典分子动力学(MD)模拟软件，我希望你不会用到它。 下载 这个软件用的人很少，百度直接搜DL_POLY都没法直接下载。 建议先搜索CCP5，然后找到DL_POLY SCD The DL_POLY Molecular Simulation Package (stfc.ac.uk) 然后用邮箱账号注册一个身份之后，就会收到帮助下载的邮件。 邮件中会给出最新版本的包链接 这里写出4.10的链接 同时可以参照安装教程来安装官方教程链接 所需的环境
DL_POLY的安装问题
lqv587ss的博客
10-27 1400
DL_PLOY的安装步骤及注意问题： 这里所说的安装是指在Linux或Mac下安装 首先，下载官网的安装包，解压后，找到build文件夹下，发现会有四个Makefile文件，基本上如果并行运算只需要选择Makefile_MPI文件即可，注意：一般推荐这个，因为即使是你做串行运算也可以，然而如果选择了Makefile_SRVx文件，只能做串行计算，得不偿失； 然后，将选择的Makefile_M
DL_POLY_5.1.0版本安装版
06-16
DL_POLY也是分子动力学的模拟软件，跟LAMMPS相比，其使用者比较少。作者这里提供最新的并行安装包。
simutil:用于处理支持分子动力学 (MD) 软件包 DL_POLY (Classic) 中数据处理的操作的脚本和小程序
07-04
模拟工具 该存储库代表一组脚本和小型实用程序，以协助计算化学模拟（使用 DL_POLY、GROMACS 或 Towhee）。 这些工具用于帮助结构化学中心 (CQE) 的分子和工程热力学 (MET) 小组在葡萄牙 (PT) 里斯本大学 (UL) 高等技术研究所 (IST) 进行的研究. 每个工具都设计为使用尽可能少的参数和参数。 理想情况下，程序无需提供任何内容即可运行，该工具会从调用它的文件夹中获取所需的内容。 ##实用程序 cfg2pdb - 将 CONFIG 文件从 DL_POLY 转换为要在 RASMOL 中使用的 PDB（蛋白质数据库）文件。 （当然，输出可以在其他地方使用。） cutz - 从 DL_POLY 中剪切一个 CONFIG 文件。 去除给定 z 值以下的所有水分子。 用于在研究表面张力时缩短层厚度。 dl_energy - 以表格格式检索 STATIS 文件
GNU汇编器as_v2.34-精简版本1
08-03
1. 编译错误：如果汇编语言代码中存在错误，GNU汇编器将报告编译错误。 2. 警告信息：如果汇编语言代码中存在警告信息，GNU汇编器将报告警告信息。 GNU汇编器as_v2.34-精简版本1是一个功能强大且灵活的汇编器，广泛...
GCC.rar_GNU c++ compiler_ada_gnu gcc
09-20
目前Linux 下最常用的C语言编译器是GCC（GNU Compiler Collection），它是GNU项目中符合ANSI C标准的编译系统，能够编译用、C++和Object C等语言编写的程序。GCC不仅功能非常强大，结构也异常灵活。最值得称道的一点...
一个由__GNUC__引起的编译问题
热门推荐
xueshandiguo的专栏
10-22 1万+
在前一阵的项目集成过程中遇到一个__GNUC__引起的编译问题，记录下来。     开发平台是linux + oracle proc + database，在编译过程中遇到一个编译错误，报错如下： ...................../ecitype.h PCC-S-02201, Encountered the symbol "aciub8" when expecting one
Python库 | dlpoly-py-0.2.9.tar.gz
04-08
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：dlpoly-py-0.2.9.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
晶格动力学程序 GULP
nmrwxw的博客
11-05 1581
大家好，我是木南 分子动力学软件诸多，包括： 1. LAMMPS LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。 2. DL_POLY DL_POLY是
undefined reference to '__gnu_thumb1_case_uqi'
nicktian的专栏
02-11 1045
引入第三方库时链接报错：error: undefined reference to '__gnu_thumb1_case_uqi'NDK编译库时添加选项：LOCAL_ARM_MODE := arm
DL_POLY的CONFIG文件中结构的生成fortran程序
lqv587ss的博客
10-28 851
使用如下程序可以生成DL_PLOY下的CONFIG文件中所需结构输入文件（例）：Fe_10.7_sc.in(单胞结构)，kinds_f90.f90 nfold.f90 parse_module.f90 numeric_container.f90(附件里面)执行命令：gfortran kinds_f90.f90  nfold.f90 parse_module.f90 numeric_containe
2021-05-13
FatalYan的博客
05-13 1606
DL_POLY安装 参考https://ccp5.gitlab.io/dlpoly-setup/ 安装DL_POLY软件包时需要Cmake，其中Cmake的版本至少是Cmake3.0.2，目前版本Cmake2需要升级 安装所需条件 在升级Cmake版本时（bootstrap环节）需要支持C11标准的gcc编译器（高于4.8），目前版本4.4.7 于是升级了gcc到9.1版本，安装在/usr/local/gcc目录下 （参考https://blog.csdn.net/weixin_42090356
Android SO逆向1-ARM介绍
omnispace的博客
03-06 2100
原文： http://drops.wooyun.org/mobile/10009 0x00 概述 把之前学习SO逆向的笔记分享出来，内容比较简单，大牛就可以略过了。 0x01 ARM寄存器 1.1.通用寄存器 1.未分组寄存器:R0~R7 2.分组寄存器:R8~812 R13:SP，常用作堆栈指针，始终指向堆栈的顶部，当一个数据(32位)推入堆栈时，SP(R13的值减4)向下
GNU编译器“.previous“的解释
Golden_Chen的专栏
06-18 731
12 then 13 rm sramboot.o *bin *exe 14 fi 结果：
DL_POLY下并行计算出错问题解决
lqv587ss的博客
10-27 4168
安装完DL_POLY后，使用并行计算mpirun -np 8 ./DLPOLY.Z出现以下错误时 application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 2) - process 2 application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 3) - process 3 application called
探讨NDK编译错误ld.exe: Dwarf Error: mangled line number section.
weixin_33811539的博客
04-06 675
如题所示的NDK编译错误是什么原因导致的？我的困惑今天在把WIN32下的一个工程移植到ANDROID时遇到上述错误，感到非常困惑。错误如下：D:/ndkr8/toolchains/arm-linux-androideabi-4.4.3/prebuilt/windows/bin/../lib/gcc/arm-linux-androideabi/4.4.3/../../../../arm-linux-...
我是用__GNUC__编译的，怎么改写
最新发布
09-16
如果你正在使用`__GNUC__`编译器，并且收到了关于`__attribute__((at(SRAM_BASE_ADDR)))`被忽略的警告，那么你可以采取以下几种策略： 1. **检查编译器版本**：首先确认你的`__GNUC__`版本是否足够新，因为不是所有...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值