生物中的超度量树(时钟树),非时钟树

超度量:
如果一棵树满足以下属性,那么它是超度量的:对于任何顶点v∈V(V是树节点集合),我们对于v的所有后代x、x’ 都有b(v,x)=b(v,x’) (b(v, x’)表示节点v与x’之间分支长度之和),如下图所示,b(v,x)=b(v,x’)=0.4,这个假设意味着沿着从v到它的所有后代的路径有一个恒定的进化速率。
个人理解这也就是时钟树的意思。
在这里插入图片描述
非时钟树:
要是不做超度量假设,产生的树称为非时钟树。例如:b(v,x)=0.4,b(v,x’)=0.5

假设有n个物种,则树的内部节点有n-1个,每个内部节点有左右两个子树,如果做时钟树假设,那么需要考虑的分支长度有n-1个,如果不做时钟树假设,考虑的分支长度有2*(n-1)个(左右都考虑)。

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