ubuntu18.04下编译mpi程序出现动态链接库错误

最新推荐文章于 2024-02-29 11:25:41 发布

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分类专栏： Linux 文章标签： ubuntu linux 运维

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报错：

/usr/bin/ld: /tmp/ccyKBF8m.o: undefined reference to symbol 'pthread_setaffinity_np@@GLIBC_2.3.4' /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0: 无法添加符号: DSO missing from command line collect2: error: ld returned 1 exit status Makefile:12: recipe for target 'graph500_reference_bfs_sssp' failed make: *** [graph500_reference_bfs_sssp] Error 1

1、尝试

最近在搞mpi相关的程序，发现在编译相关程序时，出现上述问题，debug了一下午，也试了各种操作，但都没有解决。

以下为我尝试的方法：

#1、在链接器最后加-lpthread
LDFLAGS= -lpthread
#2、使用locate指令确认动态链接库的位置，使用—L /path/to/缺少的动态链接库的文件
LDFLAGS = -L/path/to/pthread/library -lpthread

但很可惜，都没有解决问题。

2、深究

我要跑的程序需要MPI3.0的标准，我以为是某个库的版本，经过查阅发现，MPI 3.0 是一个标准，而不是单个库的版本。要使用 MPI 3.0 标准的功能，想安装支持 MPI 3.0 标准的 MPI 库，需要从相应的 MPI 实现提供商处获取适当的软件包，并按照其提供的安装说明进行安装。常见的 MPI 实现包括 Open MPI、MPICH 和 Intel MPI。

3、解决

我首先在ubuntu18.04上安装的是mpich-3.4.3，情况可想而知，一直有这个错误，所以，最终通过卸载mpich，安装了openmpi解决了问题，真的栓Q。

#openmpi可以直接使用apt命令进行安装
sudo apt-get install openmpi

4、问题解决过程中遇到的问题

#由于我是通过源码编译安装的mpich，导致无法使用apt remove指令卸载。
#在使用源码编译安装软件的过程中，最好不要删除原有的安装包，在自己想要卸载的时候，可以在源安装包内使用相关命令进行删除和卸载，大多数是支持下面指令的。
sudo make uninstall && make clean

5、记录一下源码编译安装库的过程

大致可以分为以下几个过程吧，以安装mpich的过程为例。

1、下载&&解压
#wget下载源文件
wget https://www.mpich.org/static/downloads/3.4/mpich-3.4.3.tar.gz
#解压
tar -zxvf mpich-3.4.3.tar.gz
2、配置安装路径
如果不指定安装路径：
可执行文件默认放在/usr/local/bin，

库文件默认放在/usr/local/lib，

配置文件默认放在/usr/local/etc，

其他的资源文件放在/usr/local/share，比较分散。

为了便于集中管理某个软件的各种文件，想指定到某个路径下，可以配置 --prefix
./configure --prefix=/usr/local/mpich
3、编译安装
#如果想编译的快些，可以使用make -j4或者make -j8 多核进行编译。
make 
#最后执行安装命令。
make install
4、配置环境变量

通过vim打开当前用户下所对应的.bashrc文件：
sudo vim ~/.bashrc
在最下面一行添加：
export PATH=/usr/local/mpich/bin:$PATH
然后再保存退出后，再更新配置文件使其生效。
source ~/.bashrc
完成搞定。