OrthoFinder做一个12个真菌的系统发育树

https://github.com/davidemms/OrthoFinder

本地安装

mkdir OrthoFinder
cd OrthoFinder
wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.5.5/OrthoFinder_source.tar.gz
tar xzf OrthoFinder_source.tar.gz
cd OrthoFinder_source/
(完整路径)/orthofinder.py

首先我们看看有没有具有OrthoFinder2的docker镜像

docker search 镜像名字
docker search OrthoFinder2

好像没搜到。。

那就去看orthofinder的官方文档

mkdir orthofinder
cd orthofinder
#创建一个目录来工作并cd到其中

docker pull davidemms/orthofinder
#获取镜像
#Error response from daemon: manifest for davidemms/orthofinder:latest not found: manifest unknown: manifest unknown
应该是镜像版本老了？

https://hub.docker.com/u/library
#进入docker官网搜索看看
https://hub.docker.com/r/davidemms/orthofinder

docker search davidemms/orthofinder

搜到了docker镜像

docker pull davidemms/orthofinder
#还是不行
docker pull davidemms/orthofinder:2.5.4
#加上合适的版本就可以了

pull到了看看能不能run起来

docker run davidemms/orthofinder #不行
还是要带上tag号
docker run davidemms/orthofinder:2.5.4 orthofinder -h
#可以识别到orthofinder但是还跑不了
docker run -itd -v ~/zp:/root/zp davidemms/orthofinder:2.5.4 /bin/bash
#打开docker镜像，-v是挂载服务器目录到镜像
docker ps -a
docker exec -it "ID号" /bin/bash
#进入之后就可以跑了，在挂载的目录
#docker rmi 镜像名字/Id号  可以这样删除镜像
orthofinder -h
#能出现帮助文件就是安好了

OrthoFinder2要求输入的序列为氨基酸（蛋白质）序列（CDS对应的序列，即protein coding genes序列）

那我们就去下载对应的需要的文件

将下载好的fasta文件放到一个文件夹中，不要有别的杂质文件

orthofinder -f $pwd/orthofinder #就能开始运行
时间比较长可以加上
nohup orthofinder -f $pwd/orthofinder &
#这样exec打开的docker可以在后台跑不会断
等着就好
orthofinder参数详情：

-t 并行序列搜索线程数（默认= 16）

-a 并行分析线程数（默认值= 1）

-M 基因树推断方法。可选：dendroblast和msa（默认= dendroblast）推荐msa

-S 序列搜索程序（默认= blast）选项：blast，mmseqs,，blast_gz，diamond（推荐使用diamond，比对速度很给力）

-A 多序列联配方式，需要添加参数-M msa时才有效；（默认= mafft）可选择：muscle，mafft

-T 建树方法，需要添加参数-M msa时才有效，（默认 = fasttree）可选：iqtree，raxml-ng，fasttree，raxml（推荐）

-s <文件> 可指定特定的根物种树

-I 设定MCL的通胀参数（默认 = 1.5）

-x Info用于以othoXML格式输出结果

-p 将临时pickle文件写入到

-l 只执行单向序列搜索

-n 名称以附加到结果目录

-h 打印帮助文本

OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建 - 简书
结果可以参照这一篇

我们选择这个文件作为需要的结果

用iTol进行美化 iTOL: Interactive Tree Of Life

也可以用MEGA-X

关于树的描述

3. 探索正射探测器的结果 |正射仪教程 (davidemms.github.io)
这棵树已经由 OrthoFinder 使用 STAG 算法推断，并使用 STRIDE 算法扎根，因此它已准备好进行解释（通常您必须先自己扎根一棵树）。如上所述，您可以在这里看到果 蝇的分支比其他物种更长。如果您知道物种树应该是什么样子，您应该检查树是否符合您的预期。这里推断的正射探测器树是正确的。