Pymol用法

基础pymol命令

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：

Pymol> log_open log-file-name.pml

如果你想终止记录，只需要键入：

Pymol> log_close

好了，现在载入pdb文件：

Pymol> load 2vlo.pdb

现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：

Pymol> load 2vlo.pdb, test

下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：

Pymol> show representation

Pymol> hide representation

其中representation可以为：cartoon, ribbon,

dots, spheres, surface和mesh。

使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。

例如当我们键入：

Pymol> hide lines

Pymol> show ribbon

我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：

Pymol> label all, chains

这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A －E或者F－J去掉即可：

Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j

上面的东东还可以这样完成：

Pymol> select test, chain f+g+h+i+j

Pymol> hide ribbon, test

上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。

比如你可以：

Pymol> hide everything,test

Pymol> show cartoon, test

这样你会得到：说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东西，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：

Pymol> select selection-name,selection-expression

其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：

! @ # $ % ^ & * ( ) ’ " [ ] { }

| ~ ` < > ? /

如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：

Pymol> delete selection-name	#删除选定目标

Pymol> delete object-name		# 删除整个对象

下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings －Colors中找到：

Pymol> color color-name

Pymol> color color-name, selection-expression

比如我们可以：

Pymol> color red, ss h

Pymol> color yellow, ss s

Pymol> color green, ss l+""

其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta

sheet，l+""代表Loop和所以其他结构。

这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta

sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol可以同时打开多个pdb文件：

Pymol> load object-name-1.pdb

Pymol> load object-name-2.pdb

如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：

Pymol> disable object-name-1

Pymol> enable object-name-1

你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。

Pymol> disable selection-name

使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。

放大选定目标：

Pymol> zoom selection-name

定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：：

Pymol> orient selection-name

你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：

Pymol> view key, action

其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何“action”，则默认为recall：Pymol> view v1, store

Pymol> view v1, recall

Pymol> view v1

说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。

使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：

Pymol> log_open script-file-name

这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：

Pymol> @script-file-name

不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。

你可以选择外部GUI窗口中的File －Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。

你可以随时编辑该文档。

在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。

如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么可以选择外部GUI窗口里面的File －Save Session，创建一个会话文件（.pse）。

该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File－Open。

什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了。

如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray 命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：

Pymol> ray 2000,2000  		# 数值可以依据电脑性能自己调

Pymol> png your_path/image_name

最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。

Pymol命令的语法与目标选择的表达

上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol 命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。

从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：Pymol> keyword argument

其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：

Pymol> quit

当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择 all 就是 zoom 的默认变量：

Pymol> zoom

Pymol> zoom all

还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：

Pymol> color color-name

Pymol> color color-name, selection-expression

第一个color虽然只带一个变量"color-name"，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成"color-name"的颜色。

第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。

要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号","隔开。

通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如"color-name"，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如"selection-expression"，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东西，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。

选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：

! @ # $ % ^ & * ( ) ’ " [ ] { }

| ~ ` < > ? /

选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则在该类属性下需要被选择的部分。如下例：

Pymol> select test, name c+o+n+ca

其中"name"就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；“c+o+n+ca"则是对应的"indentifier”，它表示我们要选择pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子（ca代表alpha carbon，cb代表beta carbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"test"，这样我们可以在后面继续使用它。
下表列出了大多数的selector：Selector简写，Identifier及例子

symbol

e.

chemical-symbol-list

周期表中的元素符号

Pymol> select polar, symbol o+n

name

n.

atom-name-list

pdb文件中的原子名字

Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd

resn

r.

residue-name-list

氨基酸的名字

Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+gln

resi

i.

residue-identifier-list

pdb文件中基团的编号

Pymol> select mults10, resi 1+10+100

residue-identifier-range

Pymol> select nterm, resi 1-10

alt

alt

alternate-conformation-identifier-list

一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸
Pymol> select altconf, alt a+b

chain

c.

chain-identifier-list

一些单字母或数字的列表

Pymol> select firstch, chain a

segi

s.

segment-identifier-list

一些字母（最多４位）的列表

Pymol> select ligand, segi lig

flag

f.

flag-nummer

一个整数（０－３１）

Pymol> select f1, flag 0

numeric_type

nt.

type-nummer

一个整数

Pymol> select type1, nt. 5

text_type

tt.

type-string

一些字母（最多４位）的列表

Pymol> select subset, tt. HA+HC

id

id

external-index-number

一个整数

Pymol> select idno, id 23

index

idx.

internal-index-number

一个整数

Pymol> select intid, index 23

ss

ss

secondary-structure-type

代表该类结构的单字母

Pymol> select allstrs, ss h+s+l+""

布尔运算符和标签命令

将.cif文件改为.pdb文件的方法

用pymol打开.cif/.sdf文件，然后依次点击file→Export Molecule→Pdb options→save→更改路径，文件名，文件类型→保存即可。

超强笔记：https://www.renrendoc.com/paper/109175605.html

获取蛋白残基序列信息

print(cmd.get_fastastr("xxxx"))

获取蛋白中某条链的残基序列信息

print(cmd.get_fastastr("model 6A2B and chain C"))

cmd.identify()

获取原子序号

cmd.identify("sele", 0)       # 先选中原子，输出结果是原子序号组成的列表

cmd.alter()

简介：改变，在pymol中进行各种修改。

(1) 更改残基编号，将对象object的残基编号5改成3

cmd.alter("mode object and resi 5", "resi=3")

cmd.iterate()

(1) 获取对象object中所有的残基编号和对应的残基名称

lst = []
cmd.iterate("name ca and model object","lst.append((resi,resn))")     # 因为一个残基中只有一个α碳，所以以α碳为定位获取所有残基的编号和名称。

or

lst = []
cmd.iterate("name ca and sele","lst.append((resi,resn))")     # 获得选中区域sele的编号和名称

or

cmd.iterate("name ca and sele","print((resi+'A'),end=' ')")  
输出：164A 212A 213A 214A 217A 

(2) 使用全局字典的形式定义变量

myspace = {"lst":[]}
cmd.iterate("name ca and model 1a2b","lst.append((resi,resn))",space = myspace)

cmd.select()

(1) 选择蛋白的某一条链

cmd.select("chain A")

(2) 选择某个残基

cmd.select("resn F90")   # F90是残基名称。

(3) 选择某残基一定距离范围内的所有残基

cmd.select("(br. all within 1 of resn %s) and (not resn %s)"%(i[2],i[2]))

(4) 选择一个object中的一个残基和另一个object

cmd.select("(model %s and resn %s) or (model %s)"%(i[1], i[2], i[0]))

(5) 3个object (object_a, object_b, object_c)，寻找 object_c 上与 object_a 和 object_b 残基距离在4埃内的残基

cmd.select("(br. all within 4 of (mode object_a or mode object_b))")

(6) 选择某个object中的一段连续残基

cmd.select("resi 1-7 and mode object_b")

select 起名字，指定要选的范围（对象）

select NAP3A, resn NAP around 2.6         #选择离NAP2.6A范围内的原子
select NAP3Aress,byres NAP3A                #选择离NAP2.6A范围内的氨基酸残基(不可单独使用)