Pymol使用细节

1、display→scequence→蛋白质系列；

2、H(hide) →隐藏

3、S（show）→蛋白选择cartoon；小分子选择organic；

4、Movie→program→camera→x-roll→简单动画的制作；

5、A（Atom）→align→to molecule→两个蛋白叠加；

6、A（Atom）→find→polar contacts→分子间相互作用；

7、Wizard→Measurement→点中要画的两个原子，形成相互作用；

8、pymol>set cartoon_oval_length,0.6→设置α-螺旋宽度；

9、pymol>set cartoon_rect_length,0.6→设置β-折叠宽度

10、pymol>set stick_radius,0.6→设置球棍模型粗细

11、pymol>set sphere_scale,0.6→设置sphere模型大小

12、点中某个氨基酸→右键→S（show）→stick→设置氨基酸球棍模型

13、点中某个小分子→右键→C(color)→by element→按照元素上色；其中可以先选择主色，然后按照by element→HNOS，C原子会现实最初设置的主色颜色；

14、整个蛋白→C(color)→by chain→按照肽段给蛋白上色；
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