CADD课程学习（3）-- 靶点药物相互作用(PyMol)

CADD课程学习（3）-- 靶点药物相互作用

PyMol软件教程

基本操作

任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标
放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标（向上是缩小，向下则是放大）
移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标命令行输入：fetch 1lEP

从PDB数据库网站下载晶体结构1lEP，在pymol打开

• Step1：改变界面颜色（Display一Background-White）
• Step2：删除蛋白B链，在命令行输入‘remove chainB’，按回车键
• Step3：删除离子和水分子（14.75和129号水分子与配体有相互作用，故保留）：在序列信息一栏选中氯离子和对应水分子，操作对象sele
  （Action-remove atoms）
  
  Step4：显示卡通形状（Action-present-ligand sites-cartoon）
  Step5：复制为obj01（Action-copy to object-new
  
  Step6：操作对象1iep，今其只显示卡通（Hide-sticks&Hide-lines）
  
  Step7：操作对象obj01，今其只显示配体和氨基酸（Hide-cartoon）
  

Step8：鼠标单击对象1iep，暂时不显示卡通；操作界面单击鼠标右键，弹出框中选中center（vis），使对象obj01居中显示
Step9：操作对象1iep_pol_conts.改变氢键颜色（Color-reds-red）

绿色棍状显示的是伊马替尼，周围是有相互作用的氨基酸，红色小球是水分子，为更好地查看相互作用，需进一步操作
Step10：选中配体周围有氢键作用的氨基酸，显示为棍状（Show-sticks；Label-residues）
Step11：操作对象obj01，隐藏其余氨基酸（Hide-Lines）

可设置水分子显示大小：
（Setting-Edit All，调出设置框，将nb_spheres_size的大小改为0.4, 按回车键）选中配体周围氨基酸，统一显示颜色，操作sele对象：
（Color-by element一这里选第五种颜色）

从图中看到：

1. 化合物吡啶环上的氮原子与M318的氨甚形成氢键作用，化合物哌嗪环上的氮原子分别与I360和H361形成氢键作用，化合物的两个亚氨基氮原子也分别与E286和T315形成氢键作用
2. K271,E286，H361和D381还通过水桥间接与化合物相互作用

如何得到一张精美的结合模式图呢？
3. 隐藏氨基酸中没有参与相互作用的主链或侧链：选中氨基酸，操作对象sele（Hide-main chain或side chain；Hide-label）
4. 操作对象liep，改变卡通样式（Color-blues-lightblue）
5. 鼠标调整角度，使能够清楚显示靶点药物相互作用

setting-cartoon-smooth-loops

我们调整了角度能够清楚的观察到靶点药物相互作用，那如何导出图片呢？

1. 设置参数ray_shadows为0 （Setting-Edit All，调出设置框，将ray_shadows的大小改为0，按回车键）
2. 命今行输入：ray 1600,1200
3. 然后就可以导出图片啦（File-Save lmage As-PNG；图片导出后氨基酸编号可在photoshop添加）

测量距离

step1:两个蛋白融合 Action-align-to molecule-1iep

Pymol软件制作蛋白表面图

操作对象obj01：Action-present-ligand sites-cartoon

操作对象1iep： Show-Surface

操作对象obj01：Action-present-ligand sites-solid surface. Hide-ribbon&lines

Pymol制作蛋白个蛋白相互作用

操作跟蛋白分子作用一样，这里略。。。

Pymol制作动画

step-1: 命令行依次输入
reinitialize
set matrix mode，1
set movie_panel，1
fetch 1iep，async=0
remove chain B
remove resn HOH

step-2: 将蛋白显示成卡通形式，命令行输入mset 1x480

step-3:制作动画
frame 1
mview store
frame 120
mview store
frame 240
选中配体
zoom sele
mview store
frame 360
mview store
frame 480
mview store
mplay 查看动画
mstop停止查看动画

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