分子动力学自由能景观图

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact<< EOF
0
EOF

gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns << EOF
4
4
EOF

gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg<< EOF
1
EOF

#分别打开rmsd.xvg和gyrate.xvg去掉表头

paste gyrate.xvg rmsd.xvg > Rg-RMSD_1.xvg

删除多余列

#1方法一

vi Rg-RMSD.xvg
ESC
移动光标到所需要删除的位点起始位点，ctrl + v 之后，按上下左右键中的右箭头，移动光标到需要删除的内容的行的结束位点(4-7列)，按向下的箭头，选中需要删除内容，直到列的结束位点，点击d即实现删除
ESC
:wq
即可

#2方法二

或者文本处理命令，可以用

awk '{print $1,$2,$7}' Rg-RMSD.xvg> Rg-RMSD.xvg

 命令处理一下即可

作图：
#gmx sham -f Rg-RMSD.xvg -ls -b 20 -ngrid 200 200 200 -nlevels 100
gmx sham -f Rg-RMSD.xvg -ls FEL_sham.xpm -b 8500 -tsham 310 -nlevels 100
gmx xpm2ps -f FEL_sham.xpm -o FEL_sham.eps -rainbow blue
gmx xpm2ps -f enthalpy.xpm -o enthalpy.eps -rainbow blue
gmx xpm2ps -f entropy.xpm -o entropy.eps -rainbow blue
gmx xpm2ps -f prob.xpm -o prob.eps -rainbow blue

python2.7 xpm2txt.py -f FEL_sham.xpm -o free-energy-landscape.txt

origin 软件中打开free-energy-landscape.txt

plot >> 3D surface >> colormap surface projection >>  第一行X, YA,ZC这几个框打勾，点击ok

即可出现图像，双击图像区域，出现对话框进行编辑。

将第一个图层，右边的100改为0，该图层即可调整到Y轴0点位置，如图所示：

即为自由能形貌图。

pymol 比较两蛋白PDB结构的差异：aaa.pdb右侧的A按钮-->align-->to molecule-->bbb.pdb