
化学建模
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绘制对应各种原子常用的分子的二维图像作为商用软件的按钮图标
编写代码:使用rdkit中的Chem模块的MolFromSmiles函数将分子SMILES字符串转换为分子对象(mol),然后使用rdkit中的MolToImage函数将分子对象转换为PIL Image对象(image),最后可以使用PIL库中的save函数将图像保存为指定的文件。需要注意的是,rdkit中支持的分子结构是有限的,无法支持所有的化合物,因此在使用rdkit绘制分子时,需要先确认分子是否能够被支持。安装rdkit库:可以通过pip install rdkit来安装。原创 2023-02-25 11:01:45 · 203 阅读 · 0 评论 -
rdkit将已有数据:分子坐标,对应原子名称,键信息 转换为smiles格式
您可以使用RDKit的MolFromMolBlock函数读取分子数据,并使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。如果您需要对分子坐标、原子名称和键信息进行处理,您可以使用RDKit的其他函数和功能。例如,您可以使用GetAtomWithIdx函数读取分子中单独的原子,以便进行编辑。请注意,上面的代码将从MolBlock格式读取分子数据,然后使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。您可以根据需要调整分子数据和代码。原创 2023-02-09 19:20:45 · 1169 阅读 · 0 评论 -
使用rdkit获得smiles的三维坐标及原子和键信息
使用rdkit获得smiles的三维坐标及原子和键信息。原创 2023-02-03 19:37:55 · 1668 阅读 · 0 评论 -
pysmiles与Open Babel 计算Smiles分子式的分子三维坐标
PySMILES (Python Simplified Molecular Input Line Entry System) 是一个 Python 库,用于处理 SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) 分子表示。SMILES 是一种线性表示分子结构的文本格式,其中每个字符代表一个原子或一个键。PySMILES 提供了一组用于读取、写入和处理 SMILES 格式的分子的函数。原创 2023-01-25 16:53:02 · 1284 阅读 · 0 评论