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RSS订阅原创 gatk的参数和用法
GATK（Genome Analysis Toolkit）是一个强大的软件工具集，用于分析高通量测序数据。它由Broad Institute开发，广泛应用于基因组变异发现、基因表达分析和变异注释等任务。GATK的工具通常以命令行形式运行，具有大量的参数来定制分析流程。下面是一些GATK工具的用法和常用参数，但请注意，这里只列出了部分工具和参数。GATK不断更新，因此请参考官方文档以获取最新信息。
2024-07-29 13:46:30
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原创 samtools工具的有关命令以及参数
是一个用于处理SAM（Sequence Alignment/Map）和 BAM（Binary Alignment/Map）格式的文件的强大工具集。
2024-07-29 11:14:19
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原创 bwa 解释
bwa是一个用于将高通量测序读段与参考基因组进行比对的软件工具。它由Heng Li开发，是生物信息学领域中非常流行的工具之一，特别是在全基因组重测序、外显子组测序和RNA-Seq数据分析中。以下是bwa。
2024-07-29 10:00:20
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原创 用hisat2构建索引，加入转录本信息
用hisat2构建索引，并考虑转录本信息，需要先使用hisat2_extract_exons.py来处理.gtf文件，生成Hisat2可以使用的特定格式的文件。一旦索引构建完成，就可以使用。文件合并，然后使用合并后的文件来构建索引。合并文件可以使用简单的文本处理工具，如。以上步骤我本人暂时未实际操作，有这个想法，先写在这。文件（例如，来自不同转录本组装的结果），需要对每个。是输出文件，包含了splice位点信息。是参考基因组FASTA文件，文件重复上述步骤，并将生成的。是想要使用的线程数量，
2024-07-26 18:06:49
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空空如也
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