samtools工具的有关命令以及参数

samtools 是一个用于处理SAM（Sequence Alignment/Map）和 BAM（Binary Alignment/Map）格式的文件的强大工具集。以下是samtools的一些常用命令及其参数：

samtools view

• 作用：提取或转换SAM/BAM文件。
• 示例：samtools view -bS input.sam > output.bam
• 常用参数：
  • -b：输出为BAM格式。
  • -h：输出包含头信息的SAM格式。
  • -S：输入为SAM格式。
  • -s：按指定顺序输出读段。
  • -u：输出为未压缩的BAM格式。
  • -o：指定输出文件。
  • -c：仅输出读段数量。
  • -q：设置最小映射质量阈值。
  • -f：按标志过滤读段。

samtools sort

• 作用：对BAM文件按坐标排序。
• 示例：samtools sort input.bam -o output.sorted.bam
• 常用参数：
  • -o ：指定输出文件的名称。
  • -O ：指定输出格式（bam, cram, sam）。
  • -l ：设置压缩级别（0-9），0表示不压缩，9表示最大压缩。
  • -m ：设置最大内存使用量（以MB为单位）。默认值是500000000（大约500MB）。

samtools index

• 作用：为排序后的BAM文件创建索引。
• 示例：samtools index output.sorted.bam
• 常用参数：无

samtools merge

• 作用：合并多个BAM文件。
• 示例：samtools merge merged.bam file1.bam file2.bam
• 常用参数：
  • -f：如果输出文件已存在，则覆盖。
  • -n：按读组排序。
  • -r：忽略读组信息。

samtools flagstat

• 作用：统计BAM文件的读段标记。
• 示例：samtools flagstat input.bam
• 常用参数：无

samtools mpileup

• 作用：生成pileup（堆积）文件，用于变异检测。
• 示例：samtools mpileup -f reference.fa input.sorted.bam > output.pileup
• 常用参数：
  • -f：参考基因组文件。
  • -l：指定区域的列表文件。
  • -r：仅处理指定的区域。

samtools depth

• 作用：计算参考基因组上每个位置的覆盖深度。
• 示例：samtools depth input.sorted.bam > depth.txt
• 常用参数：
  • -a：输出所有位置，即使深度为0。
  • -b：指定区域的列表文件。
  • -r：仅处理指定的区域。

samtools tview

• 作用：文本视图查看BAM文件。
• 示例：samtools tview input.sorted.bam reference.fa
• 常用参数：无

这些命令是samtools功能的一部分。