Hisat2的使用说明

Hisat2是一款用于将测序读段（reads）比对（align）到参考基因组上的软件。以下是Hisat2的基本用法及其参数含义的中文说明：

基本用法

要使用Hisat2进行比对，你需要提供一个索引文件（由.fasta参考基因组文件构建而成）和测序读段文件。以下是Hisat2比对的基本命令格式：

hisat2 [选项] -x <索引前缀> {-1 <读段1> -2 <读段2> | -U <单端读段>} [-S <SAM输出文件>]

• <索引前缀>：索引文件的名称前缀（不包括后面的.X.ht2）。
• <读段1> 和 <读段2>：成对的读段文件，可以是压缩的（.gz或.bz2）。
• <单端读段>：单端读段文件，可以是压缩的。
• <SAM输出文件>：输出的SAM格式的比对结果文件。

常用参数及其含义

• -x <索引前缀>：指定索引文件的名称前缀。
• -1 <读段1> 和 -2 <读段2>：指定成对读段的文件路径。
• -U <单端读段>：指定单端读段的文件路径。
• -S <SAM输出文件>：指定输出SAM文件的路径。
• -p <线程数>：指定使用的线程数，以提高比对速度。
• --phred33 和 --phred64：指定测序质量值的编码方式（默认为Phred+33）。
• --fast、--sensitive、--very-sensitive：预设参数，用于调整比对敏感性和速度。
• --bowtie2-dp <int>：使用Bowtie2的动态规划比对算法（0表示不使用，1表示有条件使用，2表示无条件使用）。
• --n-ceil <func>：设置比对中允许的非ACGT字符的最大数量。
• --ignore-quals：忽略质量值，将所有质量值视为30。
• --no-softclip：不进行软剪辑。
• --rdg <int>,<int> 和 --rfg <int>,<int>：设置读段和参考基因组比对时的缺口开放和延伸惩罚。
• -k <int>：最多搜索指定数量的不同比对位置。
• --max-seeds <int>：设置最多扩展的种子数量。
• --un <path> 和 --al <path>：分别指定未比对和至少比对一次的读段的输出路径。
• --un-conc <path> 和 --al-conc <path>：分别指定不成对和至少成对比对的读段的输出路径。
• --time：打印比对各阶段所花费的时间。
• --reorder：使SAM输出顺序与输入读段顺序一致。

RNA-seq特定参数

• --rna-strandness <string>：指定RNA-seq数据的链特异性信息。
• --no-spliced-alignment：禁用剪接比对。
• --min-intronlen <int> 和 --max-intronlen <int>：设置允许的最小和最大内含子长度。