用hisat2构建索引，加入转录本信息

用hisat2构建索引，并考虑转录本信息，需要先使用hisat2_extract_exons.py来处理.gtf文件，生成Hisat2可以使用的特定格式的文件。

相关步骤：

首先，确保已经安装了HISAT2，并且hisat2_extract_exons.py脚本在该PATH中可用。

• 提取exon信息：使用hisat2_extract_exons.py脚本从.gtf文件中提取exon信息，并生成HISAT2能够使用的.exon文件。

hisat2_extract_exons.py genome.gtf > genome.exon

这里genome.gtf是输入注释文件，genome.exon是输出文件。

• 提取splice位点信息：接下来，使用hisat2_extract_splice_sites.py脚本从.gtf文件中提取splice位点信息，并生成.splice文件。

hisat2_extract_splice_sites.py genome.gtf > genome.splice

这里genome.splice是输出文件，包含了splice位点信息。

• 构建HISAT2索引：使用上面生成的.exon和.splice文件来构建HISAT2索引。

hisat2-build -p <线程数> --exon genome.exon --ss genome.splice genome.fa genome

在这里，<线程数>是想要使用的线程数量，genome.fa是参考基因组FASTA文件，genome是输出索引的前缀。

请注意，--exon和--ss选项分别指定了exon和splice site信息文件。一旦索引构建完成，就可以使用HISAT2进行RNA-Seq reads的比对。

如果有多个.gtf文件（例如，来自不同转录本组装的结果），需要对每个.gtf文件重复上述步骤，并将生成的.exon和.splice文件合并，然后使用合并后的文件来构建索引。合并文件可以使用简单的文本处理工具，如cat：

cat exon_file1 exon_file2 ... > combined_exon
cat splice_file1 splice_file2 ... > combined_splice

然后使用合并后的文件构建索引：

hisat2-build -p <线程数> --exon combined_exon --ss combined_splice genome.fa genome

以上步骤我本人暂时未实际操作，有这个想法，先写在这。后面有需要我再进行实操。