医学图像使用mask实现抠图效果

最新推荐文章于 2023-09-09 10:30:13 发布

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文章标签： numpy 人工智能

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_61183667/article/details/126366023

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由于我做的课题是鼠脑血管分割，从原图采集以及后面的每一步操作处理都是自己来实现的。因为TOF-MRA图像中除了血管的地方比较高亮，像眼睛以及颅骨的一些地方和血管的亮度也差不多。比如下方图片中，血管和头皮位置的亮度是差不多的。

所以这对后面的标签处理和分割操作都是有一定的影响的，所以必须要进行脑提取的操作，但是脑提取后一些位置的血管不在脑的位置，会影响血管的形态，所以在提取脑之后必须要对mask进行修正，通过itksnap软件可以将ROI区域勾画出来。然后通过将原图和mask进行点乘操作，实现抠图的效果。


import SimpleITK as sitk
import numpy as np
filepath='./CS-Net-master/data/01.nii'
brainextraction='./CS-Net-master/data/brain extraction.nii'
img1=sitk.ReadImage(filepath)
img2=sitk.ReadImage(brainextraction)
origin=img1.GetOrigin()
space=img1.GetSpacing()
direction=img1.GetDirection()
img1_array=sitk.GetArrayFromImage(img1)
img2_array=sitk.GetArrayFromImage(img2)
print(img1_array.shape,img2_array.shape)
img3=np.multiply(img1_array,img2_array)
img3_save=sitk.GetImageFromArray(img3)
img3_save.SetOrigin(origin)
img3_save.SetDirection(direction)
img3_save.SetSpacing(space)
sitk.WriteImage(img3_save,'./CS-Net-master/data/brain.nii.gz')

最终的抠图效果如下图所示：